El artículo 3 de la Resolución CM/Res (2013)66 del Consejo de Europa establece que un Consejo de Gobierno sea responsable del buen funcionamiento de los Itinerarios Culturales. Sus principales tareas son: la certificación de nuevos Itinerarios Culturales y la evaluación de los ya existentes de acuerdo con los criterios establecidos en la Resolución CM/Res (2013)67, así como la adopción de proyectos coherentes con las prioridades del Consejo de Europa.
El Consejo de Gobierno se reúne una vez al año y está compuesto por un miembro de cada uno de los Estados Partes en el Acuerdo Parcial Ampliado y por representantes de la Comisión y del Parlamento Europeos. El Instituto Europeo de Itinerarios Culturales ejerce la Secretaría Ejecutiva del Consejo de Gobierno.