La revista museos.es nace oficialmente el 14 de abril de 2003 con la finalidad de servir de canal de difusión a todos aquellos proyectos en torno a museos que se desarrollan desde el Ministerio de Cultura, convirtiéndose en vehículo de comunicación entre estas instituciones mediante la presentación de todas aquellas propuestas y tendencias museológicas que tienen lugar a nivel nacional e internacional.
Para la gestión y organización de la revista se creó, el 28 de abril, un consejo de redacción que, en mayo de ese mismo año, concretó el nombre definitivo, la estructura y las secciones de la revista, siguiendo las recomendaciones de la Junta Superior de Museos. En julio se cierra definitivamente la lista de autores que participarán en la primera edición de la revista.
Posteriormente, el 27 de octubre de 2003, tras la reunión del consejo de redacción se adjudica a la empresa Vélera S. L. el diseño y la maquetación de la revista, que en pocos días envía las primeras pruebas de diseño de la portada.
El consejo de redacción vuelve a reunirse en febrero de 2004 con el objetivo de seleccionar, tras la valoración de las propuestas recibidas, el diseño definitivo. En marzo se revisa la maqueta de la revista número 0, y se proponen los nuevos artículos para el siguiente número (n.º 1, 2005). Asimismo, se sigue trabajando en la elaboración del siguiente volumen.
Finalmente, el 22 de diciembre de 2004 se presenta el primer número de la revista (n.º 0, 2004) en las Salas Nobles del Museo Arqueológico Nacional. El acto es presidido por la ministra de Cultura, Carmen Calvo.
En enero de 2005 el consejo de redacción se reúne para supervisar el contenido de la revista y en marzo se redefine el apartado de "Espacio Abierto". Posteriormente, en la reunión de mayo del mismo año se da el visto bueno a la maqueta del número 1 (2005) y se establece el contenido de la próxima edición. En agosto se corrigen las últimas pruebas de imprenta y en octubre se entregan los ferros definitivos a la imprenta. Finalmente, en diciembre ve la luz la publicación de la revista número 1 (2005) de museos.es.
Durante los primeros meses de 2006 el trabajo se centró en la edición de textos y corrección de pruebas. En mayo se inició el proceso de maquetación que culminaría con la impresión final del nuevo volumen (nº 2, en noviembre de 2006). Asimismo se acordó, en el consejo de redacción, el contenido del siguiente número correspondiente a 2007, a la vez que se estableción una política de intercambio con revistas afines de museología y patrimonio a nivel nacional e internacional.
A lo largo de los primeros meses de 2007 se trabajó en la edición del número 3 de museos.es. Este número de la revista se adapta en su diseño y maquetación a la imagen corporativa del Ministerio de Cultura, obra de Manuel Estrada. De esta manera, se procedió a adaptar este nuevo diseño al formato de la revista, su estructura en secciones y características especiales. La fase de maquetación concluyó en octubre de 2007.Salto de línea Asimismo, desde el mes de abril se trabajó en la elaboración de unos estatutos que regulen el funcionamiento interno de la revista, que serán aprobados a lo largo de 2008.Salto de línea En el mes de octubre se procedió a la ampliación del Consejo de Redacción, se modificó la sección «Espacio Abierto», unificando sus diferentes apartados, y se comenzó a trabajar en el siguiente volumen, correspondiente a 2008, cuya estructura provisional se cerró en el mes de noviembre.Salto de línea Finalmente, en noviembre se publica el número 3 (2007) de la revista, procediéndose a su distribución a lo largo del mes de diciembre.
En el año 2008 se estudió un posible marco de colaboración con el Instituto Cervantes -que ya distribuye, desde 2007, la revista por todos sus centros-, y se reforzaron los intercambios con otras revistas de museología, así como estrategias de promoción de la revista a nivel nacional e internacional. Asimismo se decidió dedicar un protagonismo especial a los museos de Iberoamérica en conmemoración de la celebración del Año Iberoamericano de Museos.Salto de línea Durante el primer semestre se trabajó en la corrección y edición de los textos, y en el mes de septiembre se corrigieron las diferentes pruebas de maquetación y posteriormente los ferros. Finalmente la revista se publicó a principios del mes de enero de 2009.Salto de línea En el último trimestre del año la revista cambia su organización interna con la renovación de la coordinación general: tras cinco volúmenes publicados Isabel Izquierdo cede su puesto a Luis Grau, director del Museo de León y nuevo coordinador de la publicación.
A principios de 2009 se publicó finalmente el quinto volumen de la revista museos.es. A partir de este momento se realiza la distribución de la publicación.Salto de línea Asimismo se fija una reunión en el mes de febrero para renovar el Consejo de Redacción y determinar los nuevos objetivos de la revista. Una vez configurado el nuevo Consejo de Redacción se fijará la estructura del número 5, correspondiente a 2009.
Se publica el último número de la revista en formato papel, edición en la que colaboró el programa Ibermuseos.
Este mismo año se produce una renovación del Consejo de redacción de la revista pasando éste no sólo a estar formado por profesionales del ámbito de museos ligados al ámbito de los museos estatales sino abriéndose también a profesionales de otras instituciones museísticas y del ámbito universitario.
Con motivo de la publicación del número 11-12, y dada la necesidad de adaptación de la revista al formato electrónico, se apuesta por un nuevo cambio de diseño.