Como consecuencia de la compleja historia del CDMH, sus fondos documentales son igualmente complejos en cuanto a estructura y variedad. Se pueden dividir, en primera instancia, entre fondos anteriores a 1979 y fondos incorporados a partir de ese año.
El grueso de los fondos del CDMH ingresados durante la Guerra Civil y la dictadura está integrado por todos aquellos documentos, objetos y otros enseres incautados a organismos, entidades de distinta naturaleza y particulares afines a la Segunda República. Toda esta documentación se agrupó en dos grandes secciones: la Sección Especial y la Sección Político-Social.
A estos fondos incautados hay añadir los documentos producidos en su gestión diaria por los diversos organismos encargados de la confiscación, recuperación, organización y custodia de los documentos. En este contexto, destaca la creación del Fichero General.
Por último, cabe señalar que en 1971 ingresaron los fondos documentales generados por el Tribunal Especial para la Represión de la Masonería y el Comunismo.
La Sección Especial agrupa los documentos relacionados con la masonería y otros movimientos y asociaciones que, aunque no eran de naturaleza política, eran considerados como sospechosos por parte del régimen franquista. Fueron los casos del protestantismo, el teosofismo, el rotarismo, el librepensamiento o la Liga de los Derechos del Hombre.
A la documentación masónica se le dedicó una atención extraordinaria, fruto de la especial aversión que el franquismo tenía contra los masones. Dicha documentación se empleó para identificar a sus miembros y descubrir sus actividades. Por ese motivo, en la actualidad, el Centro cuenta con documentos sobre la masonería, que abarcan casi todo el territorio español.
A partir de lo incautado, se formaron cinco tipos básicos de expedientes: personales, de instituciones, de asuntos, de actividades masónicas y de recuperación.
La Sección Especial tiene también un importante fondo hemerográfico y bibliográfico con la misma procedencia que los documentos, fundamentalmente de temática masónica o teosófica, al que hay que añadir un buen número de títulos sobre ocultismo, filosofía o religiones orientales.
Relevante es también la colección de objetos que fueron incautados, fundamentalmente atributos de masones, de diferentes grados o dignidades dentro de la logia (bandas, collarines, mandiles, joyas, etc.) o específicos de los talleres (malletes, espadas, etc.).
Está formada por documentos de todo tipo de instituciones, asociaciones y personas afines a la causa republicana. Con estos materiales se formaron diversas agrupaciones documentales o series, para cuya identificación se recurrió al lugar donde se realizó la incautación en unos casos y a la materia en otros, creándose así las series Geográfica, de Prensa y Propaganda y Militar.
La mayor parte de lo incautado pasó a formar parte de lo que se ha venido denominando series de procedencia geográfica: Alicante, Aragón, Barcelona, Bilbao, Cádiz, Cartagena, Castellón, Extremadura, Gijón, Jaén, Lérida, Madrid, Santander, Valencia y Vinaroz. En todo caso, y como regla general, se trata de los documentos procedentes de las áreas geográficas donde fracasó el golpe de Estado y que fueron confiscados por los Servicios de Recuperación de Documentos a partir de julio de 1937.
Se pueden encontrar algunos de los materiales que tradicionalmente se han empleado para esas tareas. Destacan por su cantidad y calidad formatos como tarjetas postales, calendarios, hojas de propaganda, banderas, folletos y publicaciones periódicas.
Los carteles propagandísticos del bando republicano durante la Guerra Civil merecen una mención aparte, tanto por su número como por su variedad temática y en muchos casos, por su calidad, ya que gran parte de ellos fueron elaborados por destacados diseñadores como Renau o Bardasano.
El Centro cuenta con una excepcional hemeroteca integrada por buena parte de las revistas y periódicos publicados en la zona republicana.
No recoge toda la documentación de ese carácter que existe en el centro, ya que la mayor parte de las otras series de la Sección tienen también documentos de este tipo. En ambos casos, el contenido es similar. Se trata de información individual, es decir, expedientes personales, carnés, hojas de revista y listados de hospitalizados, entre otros.
Al igual que en la Sección Especial, en la Sección Político-Social se conservan también numerosos objetos procedentes de las incautaciones, como banderas y banderines de diferentes organizaciones o sindicatos, así como otros de uso cotidiano.
Incluyen los documentos que la los diferentes organismos encargados de la confiscación, organización y custodia de los documentos produjeron entre 1937 y 1977 en su funcionamiento diario, como es a correspondencia, expedientes personales, documentación contable, etc.
Con las informaciones extraídas de los documentos, tanto de la Sección Especial como de la Político-Social, se formó un gran fichero de aproximadamente tres millones de fichas. Estas fichas contienen las referencias individuales de las personas que aparecen citadas en buena parte de la documentación.
A su vez, estas fichas eran las que permitían a los Servicios Documentales facilitar los informes de antecedentes que le solicitaban las diferentes instancias, especialmente el Tribunal Especial para la Represión de la Masonería y el Comunismo.
Con la llegada de la democracia, el Fichero General se convirtió en una herramienta esencial para proporcionar la documentación necesaria para que muchos ciudadanos, víctimas de la represión y la dictadura, pudieran acogerse a los diferentes beneficios que otorgaba la legislación reparadora que comenzó a aprobarse en los años ochenta.
En Salamanca se custodia también la documentación producida por el TERMC. Se trataba de una jurisdicción especial creada para juzgar los delitos tipificados en la Ley de Represión de la Masonería y el Comunismo de 1940. El Tribunal fue suprimido por la Ley de creación del Juzgado y Tribunal de Orden Público, de 2 de diciembre de 1963.
Pese a lo anterior, funcionó una comisión liquidadora hasta enero de 1971, fecha en que los fondos documentales fueron trasladados a Salamanca. El archivo está formado por los expedientes o sumarios judiciales instruidos contra sospechosos de ser masones o comunistas, libros de sentencias, libros o diarios de sesiones y libros de registro, entre otros.
Los fondos incorporados a partir de 1979 son tanto archivos como colecciones o piezas sueltas que complementan y amplían los que hasta esa fecha se conservaban. Todos ellos han ingresado mediante transferencias de otras instituciones, reubicaciones de fondos, compras, donaciones, cesiones, etc.
Algunos de estos son de gran importancia y el carácter es heterogéneo, pero todos responden a una intención clara por parte del Centro de recuperar la documentación que pueda ser de interés para el estudio de la Guerra Civil, la dictadura, el exilio y el proceso de transición a la democracia, de forma que puedan ser puestos a disposición de los usuarios del Centro, bien sean estos investigadores o ciudadanos que deseen ejercer un derecho de reparación, o por mero interés de conocer el paradero o vicisitudes de sus antepasados.
Estos heterogéneos fondos se pueden clasificar de la siguiente manera:
Son los generados por instituciones públicas y a su vez se pueden agrupar en jurisdicciones represivas, información militar y acción exterior.
Entre los fondos producidos por las diferentes jurisdicciones represivas, debemos destacar el Archivo de la Causa General (cuya documentación se clasifica en once «piezas», así como la documentación producida por los tribunales y juzgados republicanos); el Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas y las comisiones de incautación de bienes; el Tribunal de Orden Público; la documentación de campos de concentración y batallones de trabajadores; y los expedientes de depuración del personal ferroviario y del Juzgado Especial de Correos.
Además de los anteriores, en este apartado se deben citar también el fondo de la Segunda Sección de Información del Estado Mayor Central del Ejército de la República, así como la Oficina Nacho Enea (representación del Gobierno de Franco en San Juan de Luz) y los recortes de prensa de la Embajada de España en Londres.
Se pueden dividir entre los procedentes de organizaciones o asociaciones y los archivos personales o fondos procedentes de personas particulares.
Los fondos de asociaciones y organizaciones de carácter privado son de gran interés, especialmente la documentación de la Federación Española de Deportados e Internados Políticos (FEDIP), la Liga de Mutilados e Inválidos de la Guerra de España, el Centro de Investigación y Formación Feminista (CIFFE) y el Centro Republicano Español en Buenos Aires, entre otros. A ellos habría que añadir los guiones de Radio España Independiente, más conocida como La Pirenaica.
También son numerosos los fondos procedentes de particulares que de una u otra forma han ingresado en el Centro, como es el caso del archivo de Bruno Alonso, el de Dionisio Ridruejo, el de Carlos Esplá y el de Marcelino Camacho, de reciente incorporación. Se trata de personajes cuya trayectoria personal y profesional les ha llevado a generar un archivo personal de gran interés para historiadores e investigadores en general.
Se trata de conjuntos de documentos y otros tipos de materiales reunidos a lo largo de los años por sus dueños por un interés ante todo personal. Destacamos aquí tres ejemplos: la colección de José Mario Armero, la colección de García Cerdeño y la colección de Pegatinas de la Transición.
De importancia capital son los fondos fotográficos que hoy en día están depositados en el Centro. Además de los que se custodian en la Sección Especial sobre masonería y los de Político-Social, existen otros archivos y colecciones fotográficas de gran interés que citamos a continuación: Robert Capa, Kati Horna, Hermanos Mayo, Albert-Louis Deschamps, Eric Andrés, Agustín Centelles, Vicente Nieto, Guillermo Fernández Zúñiga, Walter Reuter, Emil Vedin, Virgilio Muro, Martín Pinillos, etc.
Otras fuentes de gran interés son los fondos orales, entre los que se encuentran los documentos de la BBC Radio, las entrevistas de la Brigada Internacional Abraham Lincoln, las entrevistas de exiliados españoles en México, los archivos orales del partido Comunista de España, o el Seminario de Fuentes Orales de la Universidad Complutense de Madrid.
Por último, destacar también los diferentes proyectos relacionados con la Memoria Histórica subvencionados por el Ministerio de Presidencia, o las recientes entrevistas a miembros de Justicia Democrática.
Todos ellos son sólo algunos ejemplos de este tipo de fuentes de importancia capital para la reconstrucción de la memoria y la historia reciente de España.
Se cierra este recorrido con una mención a las copias de otros fondos y fuentes custodiados en instituciones públicas o privadas que complementan los contenidos del centro. Entre estos, destacar la Fundación Nacional Francisco Franco, el Comité Internacional de la Cruz Roja, el Komintern o la copia digital de Archivo de Juan Negrín, por citar los más representativos.
Por último, citar los fondos del Movimiento Nacional (Consejo Nacional, Secretaría y Delegaciones), de la Organización Sindical del franquismo, que aunque están adscritos al CDMH, se encuentran depositados en el Archivo General de la Administración hasta que el centro disponga del espacio necesario para albergar dichos documentos.