Los fondos documentales del Archivo Histórico Nacional se estructuran en un cuadro de clasificación que, dada su diversidad, se articula en cinco grandes apartados: Instituciones del Antiguo Régimen, Instituciones contemporáneas, Instituciones eclesiásticas, Archivos privados y Colecciones.
A través de las Instituciones del Antiguo Régimen, en el punto de Instituciones de la Monarquía, se accede a la documentación producida por los Consejos, Juntas y Secretarías de Estado y del Despacho. A finales del siglo XIX fue la propia Administración quien hizo entrega al Archivo Histórico Nacional de aquella documentación que los organismos del Antiguo Régimen no habían llegado a remitir al Archivo real de Simancas. Esta abundante documentación corresponde a la Cámara de Castilla, Consejos de Castilla, Aragón, Cruzada, Estado, Hacienda, Indias, Inquisición, Órdenes, etc.; a Juntas como la Apostólica, de Caballería, Incorporaciones, del Real Aposento de la Corte, etc., y a las Secretarías de Estado y del Despacho de Estado y de Guerra y Hacienda, etc. Son 51 fondos que se custodian en la secciones de Consejos, Estado, Inquisición, Ordenes Militares, Códices y Cartularios, Fondos Contemporáneos y Sigilografía. Completan fondos existentes en otros archivos generales como Simancas, Indias y Corona de Aragón.
El apartado Corporaciones abarca instituciones que en algún caso se remontan a la Edad Media, como la Mesta, los Concejos de villa y tierra, las Santas Hermandades, o Universidades como la de Alcalá, Sigüenza y el Seminario de Nobles. Son 10 fondos que se custodian en las secciones de Diversos, Universidades, Códices y Sigilografía.
En el Archivo también existen 32 fondos de Instituciones Contemporáneas, del Poder Legislativo (Cortes de Cádiz), del Poder Judicial (incluido el grupo de fondos correspondientes a los tribunales republicanos), y del Poder Ejecutivo. De este último se conservan los fondos de la Administración General del Estado, de la Central (Directorio Militar de Primo de Rivera, Universidad Central de Madrid y los Ministerios de Hacienda, Justicia, Ultramar, etc.), de la Periférica (Capitanías Generales de Cuba y Filipinas), de la Consultiva (Consejo de Ultramar, Consejo Real, etc.) y de la Corporativa (Asociación General de Ganaderos).
Esta documentación, que se custodia en las secciones de Fondos Contemporáneos, Ultramar, Consejos, Diversos, Clero, Órdenes Militares y Sigilografía, completa los fondos del Archivo General de la Administración de Alcalá de Henares, ya que los Ministerios, a causa de la desaparición del anterior Archivo General Central alcalaíno por un incendio tras la guerra civil, hicieron sus transferencias al Archivo Histórico Nacional, situación que se mantuvo hasta la creación del actual Archivo General de la Administración en 1969. En menor medida estos fondos completan los existentes en el Archivo General de Indias y en el del Tribunal Supremo.
Las Instituciones Eclesiásticas, cuya documentación es la más antigua (s. IX-XIX), ingresaron en el Archivo, como ya se ha dicho, a consecuencia de las leyes desamortizadoras. Del Clero Regular se conservan 2.090 fondos documentales (1.382 de órdenes masculinas y 708 de femeninas) correspondientes a 26 órdenes religiosas, del Secular, 96 fondos de catedrales y 2.011 de iglesias parroquiales, colegiatas y ermitas, y los de Instituciones Pías y Asistenciales 110 fondos de hospitales. A ello hay que añadir los 11 conventos de las Órdenes Militares hispánicas (Santiago, Calatrava, Alcántara y Montesa) y la amplia documentación de la Orden de San Juan de Jerusalén, en sus Lenguas de Castilla y León y de Aragón.
Esta copiosa documentación se custodia en las secciones de Clero, Órdenes Militares, Códices y Cartularios y Sigilografía.
En el apartado de los ARCHIVOS PRIVADOS hay 40 archivos personales y familiares, de personalidades correspondientes al ámbito científico (Isaac Peral y Caballero, etc.), político (Margarita Nelken, Marcelino Pascua, etc.), literario (Luis Rosales Camacho, Juan Ramón Jiménez, etc.), diplomático (Juan Antonio Rascón Navarro, etc.), y militar (Vicente Rojo, Valeriano Weyler y Nicolau, etc.), desde los siglos XV al XX , a los que debe añadirse la reciente incorporación del archivo de una asociación. Se custodian en las secciones de Diversos y Estado.
Finalmente, las COLECCIONES DOCUMENTALES, de documentos textuales y figurativos. Son 30 colecciones, con documentos de los siglos X al XX, que han ingresado por compra o donación y, en algunos casos, se han formado en el propio archivo por cuestiones de conservación. Destacan entre ellas la colección de Códices, las sigilográficas y las cartográficas. Se custodian en todas las secciones del archivo.
En resumen, esta heterogeneidad de fondos hace que el Archivo Histórico Nacional sea considerado un “archivo de archivos”, con un gran volumen documental (43.500 ml.) y un arco cronológico amplio (siglos IX-XX).Asimismo, también existe un apartado de Reprografía de complemento, con documentos del Comintern y del archivo del conde de Campomanes.A través del Portal de Archivos Españoles (PARES) se puede acceder a la descripción e imagen digital de estos documentos, que se incrementan con el trabajo diario. Consultando el inventario dinámico de contenidos (Cuadro de Clasificación) del AHN se puede navegar por todos los fondos hasta el nivel de unidad documental.
Portal de Archivos Españoles (PARES)
El Portal de Archivos Españoles (PARES) es la principal plataforma de difusión del Patrimonio Histórico Documental Español, creada y gestionada por la Subdirección General de los Archivos Estatales, del Ministerio de Cultura y Deporte.