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El germen del archivo de gestión del Archivo General de Indias se encuentra en el año 1785, el mismo año de la creación de la institución, cuyo fin era el reunir la documentación americanista dispersa entre Cádiz, Sevilla, Simancas (Valladolid) y Madrid. Es entonces cuando el personal adscrito al Centro, con Antonio de Lara y Zúñiga a la cabeza, comienza a gestionar la documentación generada por las primeras remesas de documentos que van llegando al Archivo desde septiembre de ese mismo año. En ese momento se configuran las primeras series documentales propias de la gestión del Centro: económica, personal y trabajos archivísticos.
Aunque parte de esta primera documentación generada por el Archivo se conserva en la serie Archivo General de Indias de la sección Indiferente General, pronto el archivo de gestión comienza a tener entidad propia y a archivar sus series al margen de la documentación histórica custodiada en la Lonja de mercaderes de Sevilla.
Parece ser que la propia práctica archivística del momento fue la razón por la que los archiveros de entonces empezaron archivando la documentación de las remesas que llegaban desde el Archivo General de Simancas con la documentación relativa a la gestión de las obras y el personal; y todo ello fue colocado y conservado en esta sección de Indiferente General, creando así la serie que ellos mismos denominaron Archivo General de Indias. Pasado un tiempo, fueron estos propios archiveros quienes consideraron que su propia documentación, es decir, aquella relativa a la propia administración y gestión de la institución, debía estar separada y así comenzaron a hacerlo.
Por tanto, lo que sería el archivo de gestión, es decir, el archivo del Archivo General de Indias (ADAGI) comienza, por tanto, en 1785 y es un archivo vivo, aunque sus series documentales siguen siendo estables: Gestión económica, Libros Registros, Libros de actas, Memorias anuales, Buscas y consultas, Inventarios y remesas, Exposiciones, Expedientes de investigadores y Expedientes de personal, fundamentalmente.
En el caso del Archivo General de Indias, la serie de Expedientes de Investigadores comienza en 1925 cuando José de la Peña y Cámara, que hasta ese año había sido archivero en el Archivo General de Simancas, se traslada al Archivo General de Indias e implanta el sistema y formato de expedientes que ya practicaba en Valladolid. Es en ese momento que se inicia una serie, con un formato normalizado en cuarto, que permanece en el Centro hasta los años 70 del siglo XX.
Sin embargo, el procedimiento de recogida de datos a los usuarios que acudían al archivo no comienza con esta serie. Ya anteriormente existía otra serie, la denominada Buscas y Consultas, empezada cuando se creó el propio Archivo General de Indias, en el año 1785, para la que se pedían los datos a las personas que ibas a investigar al archivo. Puede considerarse, por tanto, antecedente directo de aquella, es decir, de la de Expedientes de Investigadores, cuya fecha de finalización sería junio de 1988, que es cuando los expedientes comienzan a realizarse en formato electrónico.
En cuanto a su contenido, la serie Expedientes de Investigadores contiene los expedientes de los usuarios tanto presenciales como no presenciales del Archivo General de Indias desde 1925. Los expedientes, normalizados y similares a los del Archivo General de Simancas, se componen de una carpetilla en formato cuarto, impresa, en la que se recoge datos relativos: al nombre del usuario, su nacionalidad, la fecha de consulta, el tema de investigación y si investiga para otra persona. Al dorso se pueden anotar las signaturas de los legajos consultados y dentro de la carpetilla se añaden las cartas recibidas del dicho investigador o las minutas de las enviadas por el Archivo, recibos del pago de copias y otros documentos. En la actualidad, se han descrito hasta el año 1970, aunque la serie prosigue hasta 1988.