El archipiélago filipino depende formalmente del virreinato de Nueva España , pero responde directamente ante la Península. Debido a la gran distancia que separaba ambos territorios, el gobernador filipino era independiente en la práctica.
La independencia de México y la suspensión del situado, que provenía de allí, deberían haber supuesto el hundimiento de la economía filipina, pero no fue así. Durante el siglo XIX, Filipinas se autoabastece y exporta productos como arroz, algodón, azúcar y abacá. El motor de esta recuperación es la mejora del comercio por los adelantos tecnológicos y de la agricultura que impulsan sociedades como la Real Compañía de Filipinas.
Al igual que en las Antillas, la población filipina reclamaba un verdadero estatus de provincia española, con una representación en Cortes acorde con su población y territorio; sin embargo, este anhelo nunca será satisfecho. Tras la independencia de México, se elimina el Galeón de Manila y se acuerda establecer correos directos entre España y Filipinas.
Entre 1830 y 1885, los gobernadores generales de las Islas Filipinas tienen un poder ilimitado. Los funcionarios españoles que consideran este destino como un castigo son compensados económicamente y convierten su mandato en una sucesión de abusos.
Pese a la inestabilidad en la metrópoli, Filipinas asiste a un florecimiento económico fruto de la liberalización del comercio en 1868, de la exención de impuestos a los productos que se exportan a España, del nuevo paso por la apertura del Canal de Suez y del establecimiento de vapores. Como consecuencia de todos estos factores se produce la llegada de nuevos colonos españoles y de trabajadores chinos a las islas.
La independencia tiene su germen en un tibio liberalismo en criollos y adinerados que han estudiado o viajado a Europa. Este grupo concienciado de las excelencias de la independencia hacen una labor de difusión de sus objetivos por el archipiélago y por Madrid, a través de la Asociación Hispano Filipina, solicitando un estatuto provincial para Filipinas.
Algunos de los hechos que irían concienciando a la población isleña comienzan en 1872, en la zona de Cavite donde se ha desarticulado una revuelta que termina con la muerte de los clérigos filipinos Burgos, Gómez y Zamora.
Un personaje fundamental para este movimiento fue José Rizal (1861-1896) , hijo de padre chino y madre filipina. Educado en Europa, a su vuelta a Filipinas fundará la primera logia que pedirá las reformas de la representación provincial, el fin del monopolio de las órdenes religiosas y la secularización de los curatos desde posturas moderadas. Rizal será condenado al exilio por sus reivindicaciones y ajusticiado en 1896.
En 1892, se crea la organización Katipunan que consigue aunar a los filipinos bajo unos postulados más radicales que los de Rizal. A la cabeza está Andrés Bonifacio (1863-1897) y su objetivo será la independencia del país, pero su ímpetu es frenado por las tropas españolas pese a la proclamación de la República de Filipinas, con capital en Tejeros. Tras la muerte de Bonifacio, su sucesor Emilio Aguinaldo (1869-1964) se proclamará presidente de la República de Filipinas (1897). No consigue la independencia, pero sí que el gobierno español acepte ciertas reformas.
Al mismo tiempo Inglaterra, Holanda, Estados Unidos y Francia pugnan por hacerse con el control de las islas del sur para establecer sus bases de operaciones en esta zona del Pacífico. En 1898, al tiempo que Estados Unidos está en plena guerra con España por el conflicto cubano, Aguinaldo entra en contacto con militares estadounidenses quienes le prometen la independencia de Filipinas a cambio de la ayuda necesaria para debilitar a los españoles. Conseguida la victoria, el oficial americano al mando le impide entrar en Manila.
Tras la firma del Tratado de París de 1898 , donde se ceden Filipinas y la isla de Guam a los norteamericanos, además de Cuba y Puerto Rico, los rebeldes filipinos declararán infructuosamente la guerra a los americanos que establecen su poder hasta 1946, fecha en la que Filipinas se independiza definitivamente. De forma paralela al Tratado de París, España vende a Alemania las islas Carolinas, Marianas (salvo Guam) y Palaos.