Una serie de incidentes lo llevó a Roma en 1569, donde entró al servicio del cardenal Acquaviva. Participó como soldado en la guerra contra los turcos y combatió en la batalla de Lepanto, el 7 de octubre de 1571, "la más alta ocasión que vieron los siglos pasados", donde fue herido y perdió el uso de la mano izquierda.
Más tarde intervino en la toma de Túnez y, cuando se disponía a regresar a España en 1575, la galera donde viajaba fue asaltada por corsarios y fue apresado junto a la tripulación y a su hermano Rodrigo. Tras varios años de cautiverio en Argel y repetidos intentos de fuga, fue redimido en 1580 por el trinitario fray Juan Gil previa entrega de 500 ducados de oro.
Siguiendo los pasos de la Corte, fue a Portugal y allí recibió misión real de Felipe II para marchar a Orán. Regresó a Lisboa y después fue a Madrid, donde en 1582, comenzó una intensa actividad literaria. En esta ciudad, tuvo una relación con la joven tabernera Ana de Villafranca de Rojas, casada. De ella, nació en 1584 su hija Isabel, quien entró al servicio de su tía Magdalena al morir su madre en 1598. Aquel mismo año, Miguel se casó en Esquivias con Catalina de Salazar, de 19 años de edad.