באמצעות תצוגת הקבע שואף המוזיאון הספרדי לפרסם את תולדות היהודים בחצי האי האיברי כחלק מההיסטוריה של ספרד. מטרתו להציל מתהום הנשייה ולחשוף את גלימת השתיקה שריחפה מעל התרבות היהודית בארצנו, מאז גירושה ועד היום
כך, בכמה חדרים וחללים של בית הכנסת שמואל לוי עצמו, מוצג מסע ממקורותיו של העם היהודי ועד לגירושו על ידי המלכים הקתולים בשנת 1492, כמו גם מנהגיהם ואורחות חייהם, שהם אלה של קהילה שעדיין חיה כיום
חדר תפילה
חדר התפילה הוא החלל הראשון שהמבקר נתקל בו. זהו החלל המרכזי של בית הכנסת, בו תוכלו ליהנות משילוב של אלמנטים מתרבויות שונות
חדר א' - מסורות העם היהודי ומקורותיו
חדר זה מסביר את מקורותיו של העם היהודי ומסורותיו, כמו גם את חשיבותה של הדת בחיי היומיום, במנהגים ובחגיגות של היהודים
חדר ב' - הגעת היהודים להיספניה
חדר זה מתמקד בהסברת הגעתם של היהודים לספרד וחייהם בתקופה הרומית בהתאם לשרידים הארכיאולוגיים שנמצאו עד כה
חדר ג' - היהודים בממלכות הנוצריות
חדר זה מספר את סיפורם של היהודים בספרד הנוצרית במאות השתים-עשרה עד החמש-עשרה, המומרים, האינקוויזיציה והגירוש
חדר ד' - הספרדיס
שפה הספרדית הספרדי מציין כראוי את צאצאי יהודי ספרד מאז גירושם בסוף ימי הביניים ועד היום
'גלריית נשים - חדר ה
כאן נחשפים: החיים והמעגל החגיגי של היהודים, ההיסטוריה שלהם בספרד המודרנית והעכשווית ומרחב רחב מוענק ליהודים הספרדים עם קטעים נבחרים ודוגמאות משפתם וספרותם
החצר הצפונית
זוהי חצר המאורגנת כנקרופוליס, בה מוצגות חלק מהמצבות שהשתמרו במוזיאון. מצבות אלה מגיעות מחלקים שונים של ספרד ועשויות מחומרים שונים
פטיו מזרחי
בחצר זו מוצגות תוצאות החפירות הארכיאולוגיות שנערכו באזור זה, וכן סדרת פסלים של ד' אהרונסון ומ' לסרי, אמנים יהודים במאה העשרים