En el presente, el Museo Nacional de Arte Romano consta de dos sedes: la principal, consistente en el edificio de Moneo y la Iglesia de Santa Clara. La primera es aquella en la que se aloja la exposición permanente de objetos de época romana, así como las oficinas centrales y otros servicios básicas de la Institución. La segunda, por contraste, consiste en la antigua Iglesia que fue sede del Museo desde su nacimiento en el Siglo XIX hasta la construcción e inauguración del edificio de Moneo, momento en el cual pasa a ser ocupada por una instalación, con vocación provisional, de las colecciones de época visigoda, medieval y moderna.