Como la mayoría de los museos de determinada entidad, el Museo Nacional de Arte Romano se divide internamente en cuatro departamentos íntimamente relacionados con las funciones específicas de este tipo de institución (documentar, conservar, investigar y difundir), a los cuales se le podría sumar un quinto correspondiente a la dirección y administración del centro.
Aunque no se encuentra reconocido en un organigrama oficial, cada uno de los departamentos de carácter museístico está encomendado por la Dirección a un conservador de museos. Igualmente, se encuentra adscrita al Museo una plantilla de funcionarios y personal laboral fijo a la que habría que sumar el personal contratado por empresas externas y el eventual.Salto de línea