La colección de monedas del Museo se compone de ejemplares en ocasiones hallados en la ciudad, pero las más de las veces y para completar una de las series de época imperial romana más destacadas de España, adquiridas en subastas públicas. Especial mención merecen las piezas acuñadas en la propia ciudad de Mérida durante sus primeros años de existencia, la ceca más variada en tipos de la Península Ibérica en este periodo.