Desde el momento de la apertura de su nueva sede, el Museo Nacional de Arte Romano ha llevado a cabo o colaborado en numerosos proyectos de exposiciones temporales. En algunas ocasiones mediante el envío de piezas a numerosos puntos de España u otros países. Y en otras acogiéndolas dentro de su propia sede.
En origen, el Museo no contaba con una sala para exposiciones temporales. Por ello se hubo de adaptar al poco de su inauguración un espacio concebido para la restauración de mosaicos. Éste se encontraba ubicado en paralelo a la pasarela que da paso a las salas de exposición permanente, y al que se daba acceso justo antes del inicio de las mismas, desde la zona en la que se emplaza un ascensor. Ello no ha impedido que se hayan desarrollado exposiciones temporales en otros espacios del Museo, como la nave central, el espacio de distribución previo a la citada pasarela, el túnel de acceso al Teatro o la Sala IX de la Planta Segunda.
En atención a su concepción, algunas exposiciones temporales celebradas en el Museo están desarrolladas, total o parcialmente, por el equipo técnico del mismo, mientras que otras han sido emprendidas ajenamente a la Institución, sirviendo ésta únicamente como lugar acogida para las mismas.
Entre las muestras desarrolladas por el Museo, una mención aparte merecen las llevadas a cabo en la Sala IX de la Planta 2. Dicho espacio, desde el año 2011, está siendo utilizado para tratar, una vez al año, una serie de temas asociados a la antigua ciudad de Mérida y el Museo que, sin merecer contar con una sala permanente, sí pueden resultar de interés al público. Es por ello que viene conociéndose con el nombre de “Sala Temática”. Las piezas exhibidas proceden fundamentalmente de los almacenes de la Institución y del Consorcio de la Ciudad Monumental. Su concepción, diseño y montaje, en consonancia con la racionalización de los recursos de la Administración, corre a cargo enteramente del personal y los recursos del Museo. Además y desde el año 2014, se viene editando un catálogo en línea asociado a la temática anual de la sala.