La sede principal del Museo es el rehabilitado Colegio de San Gregorio, uno de los edificios más representativos del siglo XV español, que por su belleza y singularidad, fuera de los espacios convencionales, resulta un lugar privilegiado para celebrar cualquier tipo de evento.
El gran patio central del Colegio es de planta cuadrada y tiene dos alturas, destacando, por encima de todo, su decoración tardogótica y su excelente estado de conservación. El patio está parcialmente cubierto, tratándose de un espacio abierto donde poder celebrar presentaciones, recepciones, reportajes fotográficos, cócteles, conciertos y cualquier acto similar.
A él se añade el Patio de Estudios, que evoca la sobriedad clásica de un atrio romano, y está situado en la entrada del Museo.