Por su carácter y originalidad, la colección escultórica del Museo es única en Europa. Está especializada en la fase más rica de la escultura española, en particular del Renacimiento y el Barroco, y en el arte de la madera policromada: figuras de bulto, retablos, sepulcros, sillerías, armarios de reliquias, pasos procesionales y un gran belén napolitano. A su valor artístico se suma su interés como testimonio histórico de las creencias religiosas en la España de la Edad Moderna. Reúne a destacados maestros como Felipe Bigarny, Alonso Berruguete, Juan de Juni, Gregorio Fernández, Pedro de Mena, Alonso Cano o Luisa Roldán.