L'àrea de documentació s'encarrega de registrar les noves peces que s'ingressen i dipositen en el museu. El llibre de registre de la Col·lecció permanent es dividix en cinc seccions, una secció per a cada tipus de col·lecció.
L'eina utilitzada per a la gestió documental és DOMUS, un sistema integrat de documentació i gestió museogràfica desenvolupat pel Ministeri de Cultura per a la catalogació i gestió dels béns culturals custodiats pels museus.
Aquest departament treballa per a millorar l'accessibilitat a les col·leccions a través del seu lloc web.
L'àrea de documentació és l'encarregada de controlar els moviments de les peces del museu, tant dels moviments interns com externs. La major part de moviments es produïxen com a conseqüència dels préstecs de peces a altres institucions culturals per a la realització d'exposicions temporals.
Des d'aquest servici es gestiona, controla, conserva i emmagatzema correctament l'arxiu fotogràfic, i se’n fa també el corresponent abocament a DOMUS. A més, s’atenen persones investigadores, comissàries i comissaris d'exposicions i estudiantat que desitgen obtindre imatges de l'arxiu fotogràfic per a les seues publicacions, catàlegs expositius, etc.