El área de documentación se encarga del registro de las nuevas piezas que se ingresan y depositan en el museo. En el museo el libro de registro de la Colección Permanente se divide en 5 secciones, una sección para cada tipo de colección.
La herramienta utilizada para la gestión documental es DOMUS, un sistema integrado de documentación y gestión museográfica desarrollado por el Ministerio de Cultura para el catálogo y gestión de los bienes culturales custodiados por los museos.
Este departamento está trabajando en mejorar la accesibilidad a sus colecciones a través de su Web.
El área de documentación es el encargado del control de los movimientos de las piezas del museo, tanto de los movimientos internos como externos. La mayor parte de movimientos se producen como consecuencia de los préstamos de piezas a otras instituciones culturales para la realización de exposiciones temporales.
Desde este servicio se lleva a cabo la gestión, control, conservación y el correcto almacenamiento del archivo fotográfico, y su correspondiente volcado a DOMUS, así como la atención a investigadores, comisarios de exposiciones y estudiantes, que desean obtener imágenes del archivo fotográfico para sus publicaciones, catálogos expositivos, etc.