La principal vía de investigación del Museo para las próximas décadas está centrada en la investigación de los galeones españoles hundidos en ultramar, toda vez que la gestión de los pecios situados en las 12 millas de mar territorial (ca. 22 km) es responsabilidad total de las Comunidades Autónomas desde 1984.Salto de línea En este sentido, el Museo ya está firmando sucesivos convenios, y preparando otros que apuntan a la investigación de los citados acontecimientos históricos:
Junto a ello el Museo está ya organizando con vocación de largo plazo la sistematización de una serie de estudios que corresponden cronológicamente a los siglos de primacía de la monarquía hispánica y su expansión por ultramar: