El Museo Nacional de Arqueología Subacuática tiene entre sus funciones, según el R.D de regulación del mismo (1508/2008 de 12 de septiembre):
- a) Preservar, documentar y enriquecer el patrimonio cultural subacuático español en el ámbito de las competencias de la Administración General del Estado, a través de la investigación y la metodología arqueológica, mostrando la complejidad de los diferentes contextos históricos en los que se ha originado.
- b) Recuperar, reunir, conservar y poner a disposición de los ciudadanos, bienes culturales pertenecientes al patrimonio arqueológico subacuático.
- c) Difundir el valor del patrimonio cultural subacuático español, promover su conocimiento y el de la actividad profesional desarrollada a favor de su protección y preservación.
- d) Mostrar la historia de la investigación arqueológica subacuática española en el ámbito internacional y la metodología específica de conservación y restauración del patrimonio cultural subacuático.
- e) Incorporar todos aquellos recursos de las nuevas tecnologías en la prospección, identificación, documentación, conservación y difusión de los objetos arqueológicos sumergidos.
- f) Impulsar proyectos de investigación en materia de conservación en arqueología subacuática y revertir a la sociedad los resultados de estos proyectos.
- g) Fomentar la formación de nuevos profesionales en las disciplinas relacionadas con el patrimonio cultural subacuático.
- h) Colaborar con las distintas administraciones autonómicas y sus centros de investigación en el estudio, valoración, investigación, conservación, protección y difusión del patrimonio cultural subacuático español.
- i) Cooperar con otros países e instituciones en el desarrollo de lo establecido en la Convención Internacional sobre la Protección del Patrimonio Cultural Subacuático y transmitir la importancia de la cooperación internacional en la protección del patrimonio cultural subacuático.
- j) Participar, como centro de referencia, en el desarrollo de planes de formación nacional e internacional en Patrimonio Arqueológico Subacuático en el marco del Plan Nacional de Protección del Patrimonio Arqueológico Subacuático.
Teniendo estos objetivos en cuenta, el Museo tiene abiertos diferentes proyectos de investigación, tanto en yacimientos arqueológicos como en proyectos de restauración. Igualmente, realiza diferentes cursos y congresos tanto a nivel nacional como internacional, así como publicaciones científicas y divulgativas.