En 1802, España, Inglaterra y Francia firmaron la Paz de Amiens, tras un largo periodo bélico, este momento fue aprovechado por España para que en octubre de 1802, la Secretaría de Estado y de Despacho de Hacienda diera orden de reunir los caudales retenidos hasta ese momento en los virreinatos de ultramar en los últimos años para ser enviados a la Península.
En junio de 1803, y tras recoger lo encomendado en el puerto de Lima, salieron rumbo a Montevideo, de donde la escuadra saldría posteriormente para Cádiz. Sería en este momento donde La Asunción, que sufrió varios daños sería sustituida por La Medea, tras lo cual, en agosto de 1804 partieron finalmente hacia Cádiz desde Montevideo la Clara, la Fama, la Medea y Nuestra Señora de las Mercedes.
Tras una navegación tranquila, con tan sólo con algunos problemas derivados de unas fiebres que atacaron a la tripulación, y cuando sólo quedaba un día de navegación para llegar a Cádiz, la escuadra española fue alcanzada por una escuadra inglesa, comandada por el Comodoro Graham Moore y constituida por la Indefatigable, Lively, Amphion y Medusa. Tras un breve parlamento, la escuadra inglesa comenzó el ataque ante la negativa española de entregarse, pues se encontraban en un momento de paz, y por tanto los ingleses no tenían derecho al ataque. A los cinco minutos de comenzar la batalla, un cañonazo fue a dar a la santabárbara de la Mercedes, lugar donde se guarda la pólvora, lo cual provocó que estallara y se hundiera. Tras esta pérdida por parte de la escuadra española, y a pesar de que la batalla continuó un tiempo más, finalmente el resto de fragatas españolas fueron apresadas y llevadas al puerto de Plymouth, donde los caudales que llevaba fueron requisados por Inglaterra.
Finalmente la tripulación y oficiales fueron liberados y el Estado Español indemnizó a los particulares que embarcaron bienes en las fragatas.
Doscientos años después, el 18 de mayo de 2007 la empresa norteamericana Odyssey Marine Exploration anunció en los medios de comunicación que había transportado un cargamento de monedas, unas 500.000 de oro y plata, a los Estados Unidos pero sin dar ningún tipo de información sobre la identidad del pecio del cual procede esa extracción o la localización exacta del mismo.
El Gobierno Español, ante la sospecha de que se pudiera tratar de un buque español, debido al lugar en el que la empresa había estado trabajando, y por el contenido del cargamento publicado, decide emprender una batalla legal contra la empresa cazatesoros en los tribunales de Estados Unidos, en primer lugar, al tribunal de Tampa, donde la empresa había llevado el cargamento.
Finalmente, el 14 de febrero de 2012, los tribunales estadounidenses dan la razón definitiva al Estado Español . Se puso entonces en marcha el operativo para devolver el cargamento a España, tras lo cual el cargamento, de unas 14 toneladas de peso, era trasladado por dos Hércules del Ejército del Aire y aterrizaban en España el 25 de febrero de 2012 y el 2 de diciembre de ese mismo año, el cargamento era depositado definitivamente en el Museo Nacional de Arqueología Subacuática, designado depositario del cargamento definitivo por Orden Ministerial.
La fragata Mercedes transportaba en sus bodegas, según se recoge en el Estado de los caudales, frutos y efectos registrados por los contadores de la Real Aduana de Lima, cerca de dos millones de pesos entre moneda y pasta de plata y oro: