Como todos los museos de Madrid, el nuestro también se cerró durante la Guerra Civil. Las vitrinas se encintaron y las colecciones se embalaron, y buena parte de ellas se mandaron a los almacenes que gestionaba la Junta de Incautación, Protección y Salvamento del Tesoro Artístico en el Palacio de Biblioteca y Museos (hoy Biblioteca Nacional y Museo Arqueológico Nacional). El edificio no sufrió grandes desperfectos, quitando las pintadas que se hicieron en la valla y los pequeños desperfectos que causó una bomba de poca potencia que cayó en la escalinata exterior.
Sin embargo, nada volvió a ser igual en el museo tras la guerra, ni siquiera el edificio, aunque su transformación no tuviera reflejo en su aspecto exterior, si exceptuamos la reforma de la escalinata y el porche y la cubrición de las azoteas laterales. Las nuevas autoridades del Ministerio de Instrucción Pública, del que dependía también a través del recientemente creado Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), aprovecharon la necesidad de ponerlo de nuevo en funcionamiento tras el traumático paréntesis de la guerra para reorientar por completo su identidad y su finalidad y para reordenar sus colecciones y la distribución arquitectónica interior, con la construcción de las galerías en el espacio central y el montaje de una nueva exposición permanente. De hecho, podemos considerarlo el más decisivo punto de inflexión en la trayectoria del museo.
La transformación empezó por un cambio de su denominación -en 1940, por Orden Ministerial, el museo fue rebautizado como Museo Nacional de Etnología- y siguió por su dedicación ya exclusiva a mostrar la cultura material de otros pueblos del planeta, en especial de aquellos que habían tenido un vínculo colonial con el imperio español -cuyos bienes culturales eran por ese motivo mayoritarios en las colecciones del museo- con el fin de, en palabras de Pérez de Barradas, su nuevo director, “dar testimonio de nuestra acción exploradora, colonizadora y misional en todo el orbe”. Para reforzar esta intención, se creó también con sede en el museo y bajo la misma dirección el Instituto Fray Bernardino de Sahagún de investigaciones etnológicas para resaltar, gracias a sus estudios, que “fueron quillas hispánicas las que agrandaron la geografía conocida y conquistaron para la cristiandad países y continentes, ampliando en el espacio y el tiempo, el conocimiento del hombre”. En coherencia con esta visión del mundo, las culturas exóticas a las que ahora se dedicaba en exclusiva el museo, se distribuyeron en las nuevas tres plantas clasificándolas como exponentes respectivamente del salvajismo, la barbarie y la civilización.
No fue algo a lo que fueran ajenos otros museos nacionales, puestos al servicio de la legitimación del nuevo régimen político y de su idea de lo que debían de ser la historia y los valores identitarios que habían dado lugar a la nación española. Así sucedió, entre otros, con el nuevo Museo de América y con el Museo del Pueblo Español, cuya finalidad, considerada complementaria a la del MNE, era precisamente exaltar los valores de la cultura española y sus “variantes regionales”. De hecho, los caminos de ambos museos se acabarán cruzando más adelante… Y también sucedió con el Instituto de Estudios Africanos y el Museo de África, creados en 1945 como anexos de la Dirección General de Marruecos y Colonias con sede en la Presidencia del Gobierno, en el edificio del Paseo de la Castellana que hoy es el Ministerio del Interior, y cuyos fondos acabarán integrándose en las colecciones del Museo Nacional de Etnología en 1973.
Por otro lado, el hecho de que la temática museo se circunscriba entonces monográfica y definitivamente, incluso de tan particular modo, al ámbito de la Etnología y la Antropología Cultural, y por tanto se aleje con claridad de cualquier relación con las Ciencias Naturales, hará que en 1962 se decida cambiarlo de adscripción administrativa y que pase a formar parte de la Dirección General de Bellas Artes, vínculo que luego ya no se ha alterado nunca. También en ese momento son declarados Monumento Histórico-Artístico el edificio y las colecciones. Y además la institución, bajo la dirección de Esteva (1965-1968), Gil Farrés (1970-1982) y Romero de Tejada (1983-2013) abandonará gradualmente el sesgo colonialista para convertirse en un museo de vocación universalista en el que las diferentes culturas empezarán a recibir un trato de igualdad. Es entonces cuando la exposición permanente pasa a estar organizada por áreas geográficas, ordenación que aún hoy perdura.