En su mayoría procedentes del antiguo Museo de África, las colecciones africanas del Museo Nacional de Antropología son el fruto de diversas expediciones realizadas a las posesiones españolas en el continente durante el siglo XIX y la primera mitad del XX (Marruecos, Sáhara Occidental y Guinea Ecuatorial).
Las recientes donaciones y adquisiciones han tratado de completar la extensa y variada geografía africana, ofreciendo una visión de la complejidad cultural de un continente tan diverso. Nos referimos a donaciones como la colección de objetos de Etiopía, especialmente referidos a su peculiaridad religiosa; o el conjunto de objetos recolectados entre 1961 y 1964 durante las campañas arqueológicas en el sur de Egipto del “Comité español para el salvamiento de los tesoros de Nubia”, donados por Martín Almagro Basch.
Las colecciones africanas del museo distinguen dos grandes áreas geográficas.
La primera de ella se corresponde con la zona del Magreb, en el norte del continente, región donde la implantación del Islam ha determinado su desarrollo cultural. Muestra de ello son las importantes colecciones procedentes de Marruecos o del Sáhara Occidental. Mención especial merecen las colecciones de joyería marroquí o de cerámica, tanto bereber como árabe, donde se hace evidente las innovaciones técnicas y estilísticas aportadas por la cultura árabe.
Respecto a las regiones situadas al sur del Sahara, la mayoría de fondos provienen de áreas culturales en torno al golfo de Guinea. Destacan las colecciones bubis de la isla de Bioko (antigua Fernando Poo) o la amplísima muestra de la cultura fang (en territorio continental de Guinea Ecuatorial), como la colección de figuras byeri, las muestras de máscaras y otros objetos rituales, así como aquellos fondos que ayudan a comprender las formas de vida cotidiana de estos grupos.
África occidental ha encontrado un especial lugar en el museo. Es el caso de los yoruba y su rico mundo espiritual. Procedentes de la misma zona geográfica, el museo cuenta con una amplia representación de grupos culturales como los vico, bujeba, balengue, etc.