La historia del museo tiene su origen en la creación de una Junta de Administración en 1924. Este fue el primer órgano colegiado de gestión.
El primer edificio al servicio de la cueva de Altamira fue una casa montañesa construida para exponer y conservar los objetos hallados en las excavaciones y para servir de vivienda a su primer guarda.
El creciente número de visitas desde mediados del siglo XX hizo necesaria la construcción de una nueva sede y en los años setenta se construyeron tres pabellones para la recepción de visitantes y servicio como cafetería. Fue en 1979 cuando se creó el Museo Nacional y Centro de Investigación de Altamira por parte del Ministerio de Cultura. El fin fue constituir un instrumento científico y administrativo para la mejor gestión y conservación de la cueva de Altamira.
La sede actual del museo se inauguró en 2001, en un edificio proyectado por el arquitecto Juan Navarro Baldeweg. La protección de la cueva de Altamira fue el principal condicionante para su ubicación, concepción y construcción.Salto de línea + Info La arquitectura del Museo Nacional y Centro de Investigación de Altamira
El Museo Nacional y Centro de Investigación de Altamira es un museo de titularidad estatal, integrado en la Dirección General de Patrimonio Cultural y Bellas Artes del Ministerio de Cultura y Deporte.