El Museo Nacional y Centro de Investigación de Altamira desarrolla proyectos de investigación en yacimientos del centro de la región cantábrica y en otros enclaves de gran interés, entre ellos Paraguay, donde ha realizado el inventario de su arte rupestre. Además de contar con sus recursos propios, el Museo de Altamira establece colaboraciones con profesionales, centros de investigación y universidades españolas y europeas.