Le Musée national et centre de recherche d'Altamira mène des projets de recherche sur des sites au centre de la région cantabrique et dans d'autres lieux de grand intérêt, dont le Paraguay, où il a réalisé un inventaire de son art rupestre. En plus de ses propres ressources, le Musée d'Altamira établit des collaborations avec d'autres professionnels, des centres de recherche et des universités espagnoles et européennes.