El recorrido del Museo se puede dividir en tres grandes temas: los restos arqueológicos (color ocre en el plano), el fundador del museo, el marqués de la Vega-Inclán, y su idea inicial (color verde) y el Greco (color carmesí).
El recorrido se inicia visitando las cuevas en los jardines, para después ver las salas del marqués y terminar con el Greco en Toledo y sus seguidores. A lo largo del recorrido también nos encontramos con zonas de exposiciones temporales (en gris oscuro en el plano). Con estas exposiciones dentro del recorrido buscamos dar visiones novedosas de nuestras colecciones a través de su contraposición con las obras prestadas.
El Museo del Greco tiene como tema principal la obra de Doménico Theotocopoulos, conocido como el Greco, pero se consideró necesario explicar la figura de nuestro fundador por varias razones. La primera es por su importante papel en la revalorización del Greco, y la segunda es que muchas de las características actuales del Museo se deben a las decisiones y visión del marqués a principios de siglo. Por ejemplo nuestra localización se debe a su interés por crear un ambiente evocador que contextualizase al Greco. Igualmente gracias a su idea de crear un Museo de arte español en donde las obras del Greco fuesen las piezas centrales, guardamos en nuestro Museo varios cuadros de gran calidad de distintas escuelas.