La historia del museo está estrechamente vinculada a la figura de Don Benigno de la Vega-Inclán y Flaquer, II marqués de la Vega-Inclán (1858-1942), uno de los mecenas más importantes de la primera mitad del siglo XX, que llegó a imponer en nuestro país la moda de la reconstrucción de los ambientes históricos en los que habían surgido las obras expuestas.
El museo es en la actualidad el único de España dedicado a la figura del pintor y tiene como finalidad esencial transmitir y hacer comprensible a la sociedad la figura del Greco, así como la influencia de su obra y personalidad en la Toledo de comienzos del siglo XVII. Incluye además en su discurso una muestra del pasado del museo a través de la figura del II Marqués de la Vega-Inclán, auténtico promotor de la institución e indiscutible protagonista de la recuperación y difusión de la pintura del Greco.
A través de nuestra exposición permanente, actividades, exposiciones temporales y programas culturales el Museo intenta: