El mobiliario, tanto popular como culto, será uno de los elementos que mejor respondan al propósito de recrear los distintos ambientes de una casa del Renacimiento donde supuestamente vivió el Greco. Destacan piezas como escritorios, sillas de brazos, bufetillos, arquetas, tajuelas, mesas tocineras, sillas bajas o armarios decorados con casetones que se exponen en aquellas salas del Museo donde se ha pretendido recuperar su ambiente original, como en el Estudio o en la Cocina.