Desde que naciera la idea del Sello de Patrimonio Europeo, se insistió en el valor añadido que debía tener: no se trataría de destacar sitios por su simple valor estético o monumental, sino de abarcar todas las dimensiones de la identidad europea, con el objetivo de crear una identidad europea a través del patrimonio.
Se distinguen tres etapas en la historia del Sello:
- En mayo de 2005, el Ministro francés de Cultura y Comunicación a la sazón lanzó la idea en París. España respondió con entusiasmo; tanto que en abril de 2006 firmó en Granada un acuerdo preliminar con Francia y Hungría. Fueron adhiriendo voluntariamente otros Estados a las discusiones preparatorias, hasta que en enero de 2007 tuvo lugar en Madrid la reunión que sentó las bases sólidas de una iniciativa intergubernamental sobre el Sello de Patrimonio Europeo.
- Aprovechando el quincuagésimo aniversario de la firma del Tratado de Roma en marzo de 2007, se puso oficialmente en marcha la iniciativa en la Abadía de Cluny. Aquel mismo año obtuvieron el Sello cuatro sitios españoles: el Cabo Finisterre, el Monasterio de Yuste, el Archivo de la Corona de Aragón y la Residencia de Estudiantes de Madrid. Asimismo, el Reino de España asumió la Secretaría de la iniciativa intergubernamental desde diciembre de 2008.
- Ya en noviembre de 2008, el Consejo Europeo adoptó unas conclusiones para seguir desarrollando el Sello como una acción de la Unión; esto es, comunitarizar la iniciativa intergubernamental existente. Finalmente se adoptó la Decisión 1194/2011/UE, de 16 de noviembre de 2011, que sirve hoy de base normativa al Sello de Patrimonio Europeo, aplicable exclusivamente en el ámbito de la Unión Europea.