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Los colegios menores de la Universidad Cisneriana en PARES
Los Colegios Menores de pobres
Desde las primeras Constituciones de 1510 
, Francisco Jiménez de Cisneros (1436-1517) , en su afán de previsión y planificación académica, dispuso en el «Título 33» que alrededor del Colegio Mayor de San Ildefonso se implantaran una serie de Colegios de Pobres o Menores con el fin de acoger a estudiantes de valía, pero sin medios económicos y, generalmente, pertenecientes a órdenes religiosas:
«Perteneciendo por su oficio pastoral a los prelados servir a las necesidades de los pobres y siendo deudores principalmente a aquellos que desean aplicar su ánimo a las virtudes y a la ciencia, y porque frecuentemente sucede que son obligados a desistir del estudio a causa de la penuria de las cosas necesarias, por ello deseando ayudar a los pobres estudiosos hemos decretado erigir además de este nuestro colegio principal que hemos cuidado de fundar en honor de Nuestro Señor Jesucristo y su gloriosa Madre María, otros doce colegios en honor de los doce Apóstoles para tales escolares. En cada uno de los cuales sean colocados doce personas pobres que se dediquen a las disciplinas liberales y a la Sagrada Teología. Y de modo semejante otros seis colegios en honor de los setenta y dos discípulos de Nuestro Señor Jesucristo, en los cuales moren otros setenta y dos escolares pobres».
Constituciones latinas del Colegio de San Ildefonso (1510)
El 23 de marzo de 1513 el Cardenal Cisneros firma la promulgación de las Constituciones para el régimen y gobierno de los colegios de estudiantes pobres del Colegio Mayor de San Ildefonso. Según esa planificación, de los dieciocho Colegios Menores, seis se dedicarían al ejercicio de las lenguas gramática (latina) y griega. Desafortunadamente, el hachazo económico que el rey Carlos I de España, cuando todavía no era Emperador, dio al Colegio de San Ildefonso fue de tal envergadura que el grandioso programa de Cisneros, ya muerto por ese entonces, pudo sobrevivir solo en el plano de las ideas.
No obstante, su grandioso proyecto comenzó con la construcción de siete casas a modo de patios de vecindad para que en ellas morasen los integrantes de los siete colegios iniciales: el de teólogos, bajo la invocación de la Madre de Dios ; el de San Pedro y San Pablo , para los miembros de la orden del fundador, la franciscana; el de filósofos, bajo la advocación de Santa Catalina ; el de lógicos y sumulistas con el nombre de Santa Balbina ; el quinto y el sexto de gramáticos y griegos bajo la advocación de San Eugenio y San Isidoro respectivamente; el de San Lucas para la cura de escolares pobres enfermos.
A estos primeros Colegios Menores siguieron, en años sucesivos, otros muchos de las mismas características. Además de los colegios fundados por el mismo Cisneros o poco después de su muerte, nacieron en Alcalá numerosos Colegios-conventos de las diferentes órdenes religiosas existentes en la Península. Por otro lado, surgieron colegios seculares o Colegios de las Naciones, destinados a estudiantes pobres procedentes de las diferentes zonas de la geografía española.
Los Colegios Menores de gramáticos: San Eugenio, San Isidoro y San Leandro
«[...] en estos dos colegios, de San Eugenio y San Isidoro se ha de tener el ejercicio de las lenguas latina y griega [...]»Salto de línea
Desde el inicio, Cisneros demostró su más firme interés en la fundación y dotación de estos colegios de gramáticos. En el año 1513 se da carta de naturaleza a estos estudios dentro del ámbito del Colegio Mayor y depositados en los dos Colegios Menores con los nombres de San Eugenio y San Isidoro .
En cada uno de los colegios, durante un período de tres años, residirían treinta estudiantes dedicados al ejercicio de la lengua latina y seis a la griega. Más tarde, en 1537, les seguirá la fundación del colegio de gramáticos de San Leandro de características parecidas.
Fue muy especial en este proyecto la influencia de la figura de Antonio de Nebrija en el desarrollo de la vida escolar de estos colegios y de su programación distribuida en tres cursos: gramática de menores, de medianos y de mayores. En el curso inicial, siendo absolutamente prioritario el estudio del latín, el principal de los libros utilizados fue el primero de las "Introducciones latinas" de Nebrija (Salamanca, 1481), mientras que los restantes tres libros de la obra eran de obligado estudio en curso mediano.