Al finalizar el siglo XVIII, la asignación de Ingenieros a las diferentes tropas del ejército español no se establecía con una asignación basada en las necesidades de cada regimiento, ni en la especialización de cada uno de los componentes. Además, una vez finalizada la contienda para la que habían sido formadas dichas tropas, éstas se disolvían y el ejército volvía a verse sin ingenieros entre sus equipos.
Ante la falta de organización, Manuel Godoy decide reunirse en 1801 con el Ingeniero General D. José de Urrutia y tratar juntos las mejoras que debían hacerse, con el fin de conseguir una mayor eficacia entre sus filas.
Aunque el Real Cuerpo de Ingenieros del Ejército fue creado en 1711, éste no disponía de tropas. Es precisamente a raíz de esta reunión del año 1801 entre Manuel Godoy y D. José Urrutia, Jefe Superior de los Cuerpos de Artillería e Ingenieros, que la institución evoluciona y crece.
Un año después de dicho encuentro, en 1802, Carlos IV firmará en Aranjuez la Constitución para el Real Cuerpo de Ingenieros de España e Indias, donde se establece que en cada división del ejército hubiera una Compañía de Zapadores Minadores. Este documento fue la base a partir de la cual se redactó el "Reglamento de S.M. para la creación y organización de un Cuerpo de Zapadores y Minadores en Alcalá de Henares"
Así es como, el 5 de septiembre de 1802, nace el Regimiento Real de Zapadores-Minadores, formado por un solo Regimiento de dos batallones, cada uno de los cuales con cinco Compañías: una de Minadores y las cuatro restantes de Zapadores. Entre otros aspectos se establecía que el cuartel estaría fijado en Alcalá de Henares durante los tiempos de paz; mientras que, en tiempo de guerra, los efectivos se dividirían para ocupar las diferentes líneas de batalla.
La presencia francesa y el poder ejercido por Napoleón en España habían mermado considerablemente los efectivos del ejército español. Una situación en parte derivada de los enfrentamientos que se habían sucedido desde el 2 de mayo en diferentes puntos de la Península, y la consiguiente brutal contraofensiva llevada a cabo por el ejército francés.
Todas las exigencias y abusos producidos por el ejército extranjero en contra de la población española, y concretamente de Madrid, llegaría a oídos de los militares que se encontraban establecidos en la Academia de Ingenieros y el Regimiento de Zapadores y Minadores del cuartel de Alcalá de Henares. Las instalaciones de este cuartel también había sufrido las consecuencias de la guerra, con una significativa reducción de sus efectivos como principal consecuencia.
En un principio, los militares allí ubicados bajo el mando de Manuel Pueyo y Díaz , Coronel Jefe del Regimiento y Director de la Academia de Ingenieros, se habían resignado, y aunque no estaban conformes con la situación, principalmente con el nombramiento de José I como rey, no les quedaba más remedio que subordinarse al gobierno establecido.
Pero el día 23 de mayo, los hechos se agravaron, por lo que los oficiales, temiendo que les obligasen a jurar lealtad al nuevo monarca, decidieron pasar a la acción. Fueron las compañías del Regimiento Real de Zapadores Minadores de la localidad de Alcalá de Henares los que dieron el primer paso convirtiéndose en ejemplo para el resto de compañías.
La fuga comenzó a formarse de la mano de algunos profesores de la Acadenia de Ingenieros, como el Sargento Mayor Julián Albo Helguero, junto a los subtenientes alumnos del centro (Francisco López, José Segovia, Mariano Albo y Salvador Manzanares. La idea original era iniciar una marcha hasta Cuenca donde informarían a las tropas allí ubicadas invitando a la acción.
Ese día del 23 de mayo, en el Regimiento de Zapadores tan solo quedaban unos 400 efectivos; pero en la medianoche del 24 de mayo, la columna al mando del comandante José Veguer y Martiller , compuesta finalmente por unos 700 hombres aproximadamente, en correcta formación, con la bandera desplegada y a tambor batiente, salía de Alcalá de Henares en dirección Cuenca-Valencia-Cataluña.
Como se ha señalado, el plan inicial era llegar hasta Cuenca, donde había tenido éxito el levantamiento producido a principios de mes. De manera que optaron por marchar a la ciudad, invitarles a que se unieran y continuar camino hacia otras ciudades. En la ciudad de Cuenca, las autoridades no estaban lo suficientemente convencidas de la acción que estaba llevando a cabo el Regimiento llegado desde Alcalá, por lo que los militares decidieron continuar su camino hacia Valencia sin esperar a nadie.
Entraron en la ciudad de Valencia el 7 de junio de 1808, donde fueron recibidos con vítores, tras lo cual el Regimiento decidió seguir respaldando las numerosas contiendas que se estaban desarrollando en esos momentos en otros puntos de España, entre las que destacan la Batalla de Bailén y los Sitios de Zaragoza y Gerona.
Con esta acción, el Regimiento Real de Zapadores Minadores y la Academia de Ingenieros, se convirtió en una de las primeras unidades organizadas que proclamaron la independencia contra los franceses.