El Archivo Histórico Nacional conserva, en su sección de Órdenes Militares, un pequeño fondo del monasterio de Santa María de Sigena, de la Orden Militar de San Juan de Jerusalén. El monasterio de Santa María de Sigena fue fundado en 1188 por la reina doña Sancha de Castilla, esposa de Alfonso II de Aragón. Nació como monasterio dúplice donde la comunidad masculina estaba bajo la autoridad de la priora, que a su vez dependía del castellán de Amposta, aunque el monasterio siempre mantuvo cierta autonomía. La vida del monasterio quedó regulada por la Regla de Sigena, dada en 1188, y sirvió como modelo para otros monasterios femeninos de la orden. Por otro lado, su vinculación con la nobleza y la realeza aragonesas fue muy estrecha, de modo que la mayoría de las monjas eran de esta procedencia, lo que además llevó a que se convirtiese en panteón real. Además, fue utilizado como archivo de la cancillería hasta la organización del Archivo Real en Barcelona
Hasta el año 1300 extendió su patrimonio territorial por medio de donaciones, pero su poder se fue debilitando a partir del siglo XV. Durante la Guerra de la Independencia el monasterio fue saqueado y posteriormente desamortizado con Mendizábal, pero su venta fue declarada nula en 1857 y la comunidad acabó regresando. Peores consecuencias tuvieron el incendio y saqueo del monasterio en agosto de 1936, aunque buena parte del edificio ha sido restaurado. En la década de 1980 las monjas de San Juan de Jerusalén abandonaron el monasterio, y desde 1985 lo habitan un grupo de religiosas de la Familia monástica de Belén, de la Asunción de la Virgen y de San Bruno.
La documentación que conservamos en el Archivo Histórico Nacional permite ahondar en la historia de este monasterio, aunque es una pequeña parte de lo que ha llegado hasta nuestros días, ya que el mayor volumen se conserva en el Archivo Histórico Provincial de Huesca. Con todo, en el AHN conservamos 66 pergaminos (OM,Car,705-707) y tres cajas de documentos en papel (OM,8126-8128), con fechas comprendidas entre 1177 y 1805, referidos principalmente a las posesiones y privilegios del monasterio. Estos documentos pasaron a formar parte del Archivo General de la Castellanía de Amposta, de la que dependía Sigena, y que tuvo su sede en San Juan de los Panetes, en Zaragoza. Desde allí se trasladaron en 1877 al Archivo General Central de Alcalá de Henares, para venir finalmente al Archivo Histórico Nacional en 1898. En la actualidad, toda esta documentación está descrita y digitalizada. Se han creado 96 resgistro de entidades documentales y 15 registros de entidades no documentales, que están disponibles para su consulta a través de PARES .