Los primeros Patronatos de Arqueología Submarina se crearon en los años 1970 en Gerona, Cartagena, Islas Baleares y Ceuta. Ya en la década de los 80 comienzan a surgir en España instituciones oficiales dedicadas a la arqueología subacuática: en 1982 se inaugura el Museo y Centro Nacional de Investigaciones Arqueológicas Subacuática en Cartagena, actualmente Museo Nacional de Arqueología Subacuática, ARQUA. En los años 90 se crearon centros oficiales de arqueología subacuática en Cataluña (1992), Comunidad Valenciana (1996) y Andalucía (1997). La labor de estos centros es la de gestionar, proteger, investigar y divulgar el patrimonio histórico sumergido en el litoral de las comunidades a los que pertenecen.
La Generalitat de Catalunya se dota, al absorber el preexistente C.I.A.S. gerundés, del "Centre d’Arqueologia Subaquàtica de Catalunya" (CASC) por decreto 237/1992, de un organismo capaz de responder a las necesidades que plantea el Patrimonio Cultural Sumergido en aguas catalanas. Depende del Museu d’Arqueologia de Catalunya y tiene su sede en Girona desde 1996. +Info
La Comunidad Valenciana comenzó, a principios de los años 90, a través de su Consejería de Cultura, a intervenir en los trabajos relativos al patrimonio sumergido. Se creó el Centre d’Arqueologia Subaquàtica de la Generalitat Valenciana , que tiene su sede en el Puerto de Burriana (Castellón).
En la Región de Murcia las investigaciones surgen de la estrecha colaboración que se lleva a cabo entre la administración autonómica y el Ministerio de Cultura y Deporte a través del Museo Nacional de Arqueología Subacuática ARQUA (Real Decreto 1508/2008) . En la actualidad, los proyectos del Museo Nacional de Arqueología Subacuática, ARQUA, en materia de arqueología subacuática que se encuentran en marcha son los siguientes: Bajo de la Campana, Mazarrón 2 y Prospecciones arquegeofísicas de la bahía de Cartagena. El museo tiene también varios convenios de colaboración suscritos: INA, AURORA Trust SP y diferentes universidades.
Con litoral mediterráneo, pero también atlántico, la Comunidad Autónoma de Andalucía, creó el C.A.A.S (Centro Andaluz de Arqueología Subacuática ) cuya sede se encuentra en el Balneario de la Palma y el Real, Cádiz. Se trata de un organismo que dispone de todos los medios para desarrollar la labor de documentación y protección del patrimonio arqueológico sumergido. Se ha encargado de la realización de Cartas Arqueológicas y del control de diversos dragados y ha realizado una gran tarea de divulgación.
Ceuta y Melilla, con un entorno marítimo privilegiado y al ser vías de paso de embarcaciones entre el Mediterráneo y el Atlántico han tenido un devenir histórico-marítimo muy intenso, lo que da como consecuencia la formación de un rico patrimonio submarino en el que se viene trabajando a través de diversos convenios, colaboraciones y actuaciones.
En la cornisa cantábrica, especialmente País Vasco y Galicia, si bien no existen centros oficiales específicamente dedicados a la arqueología subacuática, si hay grupos de trabajo activos que son el embrión de nuevas realidades.
En el Principado de Asturias, en la actualidad, no existe un organismo específico que englobe todas las facetas de la protección del patrimonio sumergido. Existe, sin embargo, el proyecto de "Prospecciones arqueológicas en la costa asturiana", patrocinado por la Universidad de Oviedo, la Consejería de Cultura del Principado de Asturias y el Ayuntamiento de Gijón.
En Cantabria, las labores de arqueología subacuática, centradas fundamentalmente en el patrimonio marítimo de época moderna, están ligadas al Museo Marítimo del Cantábrico desde el año 1981. En 1983 se constituyó el L.I.A.S. (Laboratorio para Investigaciones Arqueológicas Subacuáticas), institución privada con sede en el Museo Marítimo del Cantábrico. Desde 2005 la Consejería de Cultura del Gobierno de Cantabria cuenta con una sección de arqueología que incluye personal con formación y experiencia específicas en arqueología subacuática. Desde entonces, todas las actividades institucionales vinculadas con esta especialidad patrimonial se desarrollan en colaboración entre este Departamento y el Museo Marítimo, ambos dentro de la Dirección General de Cultura del gobierno regional.
En las dos comunidades insulares los trabajos han ido avanzando con frecuencia en base a hallazgos concretos o a investigaciones puntuales, si bien se está trabajando en la realización de cartas arqueológicas subacuáticas.
En el caso balear las competencias en materia de patrimonio arqueológico son asumidas por los respectivos Consejos Insulares de Mallorca, de Menorca y de Ibiza y Formentera: los permisos, inversiones, inspecciones, es decir, la conservación, protección y difusión del patrimonio.Salto de línea A través de estos Consejos Insulares continúan los trabajos de realización y revisión de la carta arqueológica submarina, mediante las correspondientes prospecciones arqueológicas y la difusión del patrimonio cultural subacuático.Salto de línea Se realizan además acciones conjuntas con la Guardia Civil para la protección y salvaguarda del patrimonio arqueológico subacuático.Salto de línea Colaboran con las acciones y objetivos del Plan Nacional del Patrimonio Cultural Subacuático impulsado por el Ministerio de Cultura y Deporte. Podemos destacar que, con el citado Plan, Menorca realizó la segunda fase de excavación arqueológica en el pecio arcaico de Binissafúller.
En el caso de Canarias han sido frecuentes las colaboraciones con otras realidades insulares portuguesas, caso de Azores y Madeira y han sido muy intensos los trabajos llevados a cabo por el cabildo de Gran Canaria.