El regreso de los bienes culturales de la fragata Mercedes a España no sólo puso en marcha un amplio dispositivo en relación a la documentación o preservar el legado recuperado. El volumen de los bienes recuperados obligaba a realizar inversiones y actuaciones en materia de infraestructuras y equipamientos en la institución a la que se asignarían dichos bienes: el Museo Nacional de Arqueología Subacuática, ARQUA.
En el ámbito de las infraestructuras del Museo, se han realizado trabajos de acondicionamiento y mejora de las instalaciones, tanto en la sede principal como en la nave laboratorio ARQUATec, para la adecuada conservación y protección de la colección procedente de la fragata Nuestra Señora de las Mercedes, con la colaboración de la Gerencia de Infraestructuras y Equipamientos, además de la Subdirección General de Protección del Patrimonio Histórico.
Dichas actuaciones han consistido, fundamentalmente, en la reforma de los espacios de reserva de la sede principal y la adquisición de equipamientos con el fin de dotar al museo de un espacio adecuado para el correcto almacenamiento de los bienes procedentes de la fragata, garantizando la conservación y seguridad de las piezas. Además, el laboratorio ARQUAtec ha sido también acondicionado, instalándose el equipamiento necesario para llevar a cabo la restauración de los bienes procedentes del citado pecio.
La actuación en las infraestructuras del Museo culmina con la incorporación a la exposición permanente de ARQUA del nuevo módulo expositivo “La navegación oceánica” que, ampliando el marco geográfico del museo, pretende explicar los cambios producidos en la navegación así como dar a conocer una selección de piezas procedentes de la fragata Mercedes, mostrando las circunstancias de la construcción del buque, el hundimiento y la recuperación de su cargamento, así como la relevancia y necesidad de la protección de este tipo de patrimonio.