Tras emprender el viaje desde los puertos de Cádiz y La Coruña, la fragata Clara fue la primera que llegó a Lima en junio de 1803. La fragata Mercedes estuvo un mes detenida en Montevideo al haber sufrido daños durante el viaje y la fragata Asunción también retrasó un mes su llegada porque comenzó su viaje con destino al cabo de Buena Esperanza (Sudáfrica) para entregar a la Escuadra de Asia correos y pliegos del real servicio.
A finales de julio de 1803 ya estaban las tres fragatas en el puerto de Lima dispuestas para salir, pero la nueva declaración de guerra entre Francia y Gran Bretaña retrasó su salida por suspenderse el tráfico marítimo. Finalmente salieron de El Callao el 3 de abril de 1804 y llegaron a Montevideo en junio del mismo año. En ese viaje de retorno la Asunción sufrió daños en el cabo de Hornos y tuvo que ser reemplazada por la Medea.
El comandante de la Mercedes, José Bustamante Guerra, y el de la Medea, el general Diego de Alvear, reorganizaron las fragatas y emprendieron el viaje de regreso a España en agosto de 1804.
En octubre, cuando estaban los navíos próximos al cabo de Santa María (Portugal), fueron atacados por cuatro naves de la armada inglesa y como resultado del combate se produjo el hundimiento de la fragata Mercedes y el apresamiento del resto de las naves españolas.Salto de línea