A propuesta del Gobierno griego, los representantes de diecinueve Estados Miembros, así como delegados de la Comisión Europea, se reunieron en octubre de 2006 en Atenas para afianzar los compromisos alcanzados en París en julio de ese año. Así pues, se propuso una redacción definitiva de las reglas de procedimiento para la obtención del Sello. Asimismo, algunos Estados, como Grecia, presentaron ya candidaturas formales.
Por otro lado, se decidió en la reunión de Atenas que la iniciativa del Sello de Patrimonio Europeo tendría por el momento un carácter intergubernamental, antes de convertirse con el tiempo en una acción de la Unión Europea.
El objetivo principal era poner en marcha la iniciativa en marzo de 2007, con ocasión del quincuagésimo aniversario del Tratado de Roma. Para ultimar los detalles de los aspectos técnicos y logísticos, se convocó una reunión en Madrid en enero de 2007.