Desde el año 2008, el principal instrumento de referencia para consultar los fondos documentales conservados en el Archivo es PARES, sitio web donde se ponen a disposición las descripciones de los documentos, agrupaciones documentales y otras entidades archivísticas relacionadas con los fondos del Archivo.
Además, el Archivo cuenta con una aplicación informática para la consulta de fondos documentales que todavía no están disponibles a través de PARES, instalada en red local para uso presencial de los investigadores en la sala de consulta.
Mención especial merecen como instrumentos de referencia, el conjunto de antiguos libros de entrega de pleitos al Archivo. Denominados habitualmente como "inventarios antiguos", en ellos se relacionaron los pleitos a medida que iban ingresando en el antiguo archivo de la Chancillería, y se conservan casi en su totalidad. Son una herramienta fundamental para una primera identificación de los fondos que conservamos, si bien no permiten, en la mayoría de los casos, una localización directa de la documentación.