El llamado Camino a Flandes por mar, que unía los puertos del Cantábrico con Zelanda, Flandes y Brabante, ruta clave en la articulación de los territorios europeos del Imperio, quedó seriamente dañado: corsarios ingleses y franceses atacaban las naos que navegaban en solitario y hostigaban las flotas protegidas para dañar los intereses comerciales españoles, de idéntica forma que ocurría en la Carrera de Indias. Además del sostenimiento del Ejército de Flandes, en esta difícil ruta marítima estaba en juego el control del tráfico comercial internacional que tenía su punto neurálgico en Amberes, verdadera metrópoli económica donde se negociaba con productos provenientes de Indias, hanseáticos, centroeuropeos y mediterráneos.
Inglaterra obtenía del mercado flamenco materias indispensables para su industria textil, ofertando a su vez tejidos rudos a precios muy bajos que no alcanzaban a competir con la lana merina castellana verdadero producto estratégico de muy alta calidad y estrella, junto a las exportaciones de Indias, del tráfico comercial del norte y centro peninsular con Flandes, hasta tal punto que el convoy de naos mercantes que partía al menos dos veces al año llegó a denominarse “flota de las lanas”, no obstante transportar otras mercancías. El Consulado de Burgos dominaba absolutamente la contratación y exportación a través de los puertos cantábricos de esta célebre mercancía que en plazas europeas podía aumentar hasta 10 veces su valor. Así pues, los intereses comerciales eran parte muy significativa del valor geopolítico y estratégico que Inglaterra y la Monarquía española atribuían a la ruta atlántica hacia Flandes, y se verán seriamente afectados por la rebelión protestante y los actos de hostilidad ingleses que conducirán irremediablemente a la Jornada de 1588.
En 1568, como consecuencia del incidente de San Juan de Ulúa , en el que los españoles destruyeron en el Golfo de México la flota del corsario negrero Hawkins, Isabel se apropió de más de un millón de ducados destinados al pago del Ejército de Flandes enviados por esa ruta, lo que provocó la interrupción total del comercio entre ambas potencias y el recrudecimiento definitivo de sus relaciones, que pasaron de la paz ruidosa a la guerra sorda. Desde ese momento, se perdía para los barcos españoles de la Carrera de Flandes cualquier posibilidad de utilizar puertos costeros de apoyo hasta su destino final: la comunicación marítima fue literalmente estrangulada en el Canal de la Mancha.