La unión política que se consigue con la proclamación de la Junta Central no alcanza al ámbito militar. Esto supondrá la derrota del ejército español en Burgos, Tudela o Espinosa de los Monteros a lo largo del año 1808. Napoleón se marchará a Francia y dejará el encargo a su hermano José Bonaparte de ocupar militarmente España.
El avance conjunto para recuperar Madrid involucrará a las tropas comandadas por el XIV duque de Alburquerque (1775-1811) desde Extremadura, pero sin el respaldo inglés. Mientras, Juan Carlos de Aréizaga (Hondarribia, Gipuzkoa, 1756-Tolosa, Gipuzkoa, 1820) comienza a subir desde La Carolina y Manuel Freire (Carmona, Sevilla, 1767-Madrid, 1835) pierde a gran parte de sus hombres en La Cuesta del Madero. Ante los acontecimientos que se van sucediendo, Aréizaga se equivoca al paralizar su avance y dar un balón de oxígeno a las tropas francesas que consiguen reagruparse cerca de la villa de Ocaña (Toledo).
La Batalla, costeada con el dinero que llega de América, tiene lugar el 16 de noviembre de 1809 y evidencia la falta de sincronía entre los diferentes dirigentes españoles. Se produce la derrota de las tropas españolas y la apertura de Andalucía al invasor francés. El rey José I, temeroso de la vuelta de su hermano Napoleón, que había proyectado ponerse al frente del ejército, comienza el 8 de enero la ocupación de Andújar, Jaén, Córdoba y Granada.
La Junta Central abandona Sevilla la noche del 23 de enero con destino a la Isla de León en Cádiz, donde renunciará una semana más tarde en favor del Consejo de Regencia. Unos días después empieza el sitio a Cádiz, el único territorio peninsular en manos de los leales a Fernando VII. Esto provoca fuertes reacciones en América que tampoco quiere caer en manos de Napoleón.