La colección procedente del extinguido Museo Nacional de Pintura y Escultura, conocido como Museo de la Trinidad, es otro de los núcleos fundamentales de las colecciones del Museo del Prado. Este museo fundado en 1837 tenía como misión principal formar una colección a partir de los bienes nacionales desamortizados a las instituciones religiosas conforme a los reales decretos desamortizadores del presidente del Consejo de Ministros Juan Álvarez Mendizábal. Este museo se ubicaba en la entonces inexistente plaza de Jacinto Benavente, abierta en 1926 partir del derribo del propio museo. Como se ha comentado, gran parte de las obras procedían de los bienes desamortizados, pero a partir de 1856 el Estado comenzó una política de adquisiciones para enriquecer la colección, entre los que hay que destacar obras de El Greco o Goya. En todo caso, el estado de conservación de las obras no era el más óptimo, y más cuando el gobierno de Juan Bravo Murillo decidió que se instalase en el mismo edificio el Ministerio de Fomento en 1849. El Museo de la Trinidad cerró definitivamente sus puertas en 1872 pasando sus obras a integrarse en el Museo del Prado.