Con el paso del tiempo, la colección bibliográfica de la biblioteca del AGI se ha incrementado a través de los canales habituales de las adquisiciones como la compra, el intercambio de publicaciones duplicadas en nuestros fondos con otras ofrecidas por las bibliotecas que forman parte de la Red de Bibliotecas de Archivos Estatales, REBAE, junto a las publicaciones procedentes de los convenios firmados por el Ministerio Cultura y Deporte , en virtud de los cuales los investigadores deben aportar dos ejemplares de los estudios publicados en los que se haya consultado documentación del Archivo.
La biblioteca del AGI recibe a través de donación fondos privados y colecciones aportadas por instituciones públicas, con la previa y pertinente valoración de la Dirección del Archivo apoyada por el personal técnico bibliotecario, aportando una mayor visibilidad y difusión a los estudios del americanismo y su relación universal con España al formar parte de la colección bibliográfica del AGI.
Además de la donación efectuada por Don Alfonso de Borbón, conocida en el AGI como colección Montpensier, son singulares y especiales las donaciones efectuadas por personalidades de relieve como el diplomático Don Pedro Salvador de Vicente, el antropólogo e investigador Daniel Barandiarán, el coleccionista Francisco Luque Cabrera, junto al último ingreso en abril de 2014 de la interesante biblioteca privada del reconocido y prestigioso americanista Francisco Morales Padrón.
Actualmente, el fondo de la biblioteca del Archivo General de Indias asciende aproximadamente a 40000 volúmenes, el sistema integrado de gestión bibliotecaria empleado para el tratamiento técnico de los fondos es DIGIBIB. Los ejemplares que forman parte del fondo bibliográfico incluyen con frecuencia la dedicatoria manuscrita de los autores de las investigaciones y estudios especializados en temática americanista.
Fondo patrimonial especial comprendido por libros antiguos e impresos de archivos que datan de los siglos XVI-XIX y la colección especial hemerográfica compuesta por 462 cabeceras de periódicos del S.XVIII-XIX. Estos fondos están accesibles actualmente en el Catálogo Colectivo de Patrimonio Bibliográfico Español (CCPB)
Fondo de carácter general, entre los que destacan publicaciones de carácter monográfico, obras de referencia (catálogos, repertorios, inventarios, diccionarios, guías temáticas, materiales especiales –microfichas, DVD,… etc.).
Fondo especial de separatas y folletos editados en países hispanoamericanos de difícil acceso en otros centros de información, una valiosa herramienta de información para los especialistas.
Fondo de publicaciones periódicas especializadas en americanismo, historia moderna de España, gestión documental, archivística y biblioteconomía que asciende a 1742 títulos (S.XX-XXI).