El archivo de los Condes de Luque fue depositado en el Archivo Histórico Nacional tras su incautación durante la Guerra Civil.
Posteriormente, tras la creación del Archivo Histórico de la Nobleza, fue uno de los fondos trasladados a esta nueva institución.
Conocer la procedencia de los archivos y bibliotecas que fueron salvados en los años de guerra es una carrera llena de obstáculos, en gran parte, por el escueto contenido de las actas de incautación y depósito, que dificulta enormemente la correcta identificación de los fondos.
En ocasiones, esta labor se simplifica si la descripción recogida es más detallada. Es el caso del archivo de los condes de Luque, cuyos documentos se pudieron identificar gracias a los datos concretos de su acta de incautación.
El 10 de mayo de 1937, los miembros de la Junta de Incautación y Protección del Tesoro Artístico, José María Lacarra y Aurelio Garzón, recibieron, por parte de la jefatura de la 44 Brigada en Madrid, el siguiente material: “Un legajo conteniendo una ejecutoria, catorce pergaminos, diversas cartas de reyes del siglo XVIII y algunos pleitos de los siglos XVII y XVIII, además de un paquete con diversos impresos y manuscritos referentes al condado de Luque”.
El contenido de este legajo se correspondía con exactitud con los documentos que existen en la actual caja 1 del fondo Luque, en el Archivo de la Nobleza.
En 2001, el entonces conde de Luque, D. Luis de la Puerta Salamanca, donó al Estado Español la totalidad de su archivo (981 cajas) incluyendo el legajo disperso que se encontraba ya en las dependencias del Archivo.
El acta de incautación de la Junta del Tesoro Artístico se custodia en el Archivo de la Guerra del Instituto del Patrimonio Cultural de España.