El Archivo Histórico Nacional, en calidad de archivo público de la Administración, fue designado, por la Junta de Incautación y Protección del Patrimonio Artístico, como depósito para la recepción del patrimonio histórico documental incautado o recogido por situación de abandono y riesgo de pérdida irremediable.
En este momento, julio de 1936, el Archivo Histórico Nacional tenía su sede en el Palacio de Museos, Archivo y Biblioteca Nacionales situado en el madrileño paseo de Recoletos y dependía orgánicamente del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes.
El primer ingreso del Archivo está fechado el día 6 de agosto de 1936. Los archiveros José María Lacarra y Natividad Gómez-Moreno, la bibliotecaria Matilde López Serrano, el pintor Rafael Pellicer o el arquitecto Luis Martínez-Feduchi son algunos de los funcionarios de la Junta de Incautación que recogieron y salvaguardaron estos documentos.
Los archivos de Joaquín Baldomero Fernández-Espartero, Álvarez del Toro, Antonio Ruiz de Salces, Emilio Castelar Ripoll, Antonio Cánovas del Castillo, Andrés Borrego Moreno, Salvador Damato y Philips, Alejandro Pidal y Mon, Pedro Rico López, José Lázaro Galdiano, el archivo de la familia López Salazar o el de la familia Coronel fueron algunos de los que se depositaron en el Archivo Histórico Nacional, donde fueron inventariados.
Igualmente, los archivos de instituciones eclesiásticas (iglesias y parroquias) que fueron incautados por la Junta Delegada de Incautación y Protección del Tesoro Artístico de Madrid, que extendía su acción a las provincias de Toledo y Guadalajara, y que no fueron reclamados por sus propietarios una vez finalizada la Guerra Civil, se integraron en el Archivo Histórico Nacional. Es el caso de la Iglesia de Nuestra Señora de la Asunción de Villaescusa de Palositos (Guadalajara) o de la Iglesia de San Juan Bautista de Córcoles (Guadalajara).
Una vez finalizada la Guerra Civil, entre 1939 y 1941, se hizo cargo de estos fondos el Servicio de Recuperación del Patrimonio Artístico Nacional que abrió un procedimiento de devolución previa reclamación hasta abril de 1943. Los fondos no reclamados se mantuvieron en depósito en los anaqueles del Archivo Histórico Nacional que con el tiempo asignó su gestión archivística a una sección denominada 'Diversos y Colecciones' en la que fueron clasificados según distintos criterios.
Estos fondos, de libre y general acceso público, siguen siendo hoy en día objeto de investigación para mejorar su catalogación e identificación.
LOS FONDOS DE RECUPERACIÓN EN EL ARCHIVO HISTÓRICO NACIONAL
En las V Jornadas de Archivo y Memoria organizadas en 2011, las archiveras Pilar Bravo y Carmen Magán presentaron una cuidada revisión de los fondos que ingresaron en el Archivo Histórico Nacional tras su incautación, principalmente archivos familiares y personales.