Los museos de titularidad estatal gestionados por el Ministerio de Cultura custodian en sus instalaciones los fondos documentales producidos o derivados de su actividad, desde su creación hasta la actualidad. Esto permite a los técnicos de los museos, así como a investigadores externos, tener acceso directo a las fuentes esenciales para conocer la historia de sus colecciones, además de la propia institución y sus protagonistas.
La documentación principal que se conserva es la generada a partir de la entrada de los fondos en el museo. Sus expedientes albergan una variada documentación, desde cartas de ofertas de venta de los anteriores titulares de los bienes, órdenes ministeriales de asignación o depósito y fotografías, hasta otros documentos de interés relacionados de los fondos que ayudan a construir la historia y significancia de la colección en cada museo.
Para el contexto de la Guerra Civil, pero especialmente para el periodo franquista, los museos estatales conservan, en el mejor de los casos, la documentación relativa al depósito de estos bienes, previamente incautados, por parte del Servicio de Defensa del Patrimonio Artístico Nacional (SDPAN) en fechas posteriores a 1939.
Los museos realizan, desde hace décadas, una ingente labor para localizar y ordenar la documentación de archivo correspondiente a cada pieza, y reconstruir, así, su propia historia.
Esta tarea, abordada tanto por archiveros como por técnicos y conservadores de museos, hace posible que, poco a poco, se vayan identificando los bienes procedentes de incautaciones.
Los museos de titularidad estatal gestionados por el Ministerio de Cultura son: el Museo Nacional y Centro de Investigación de Altamira (Cantabria); Museo de América (Madrid); Museo Nacional de Antropología (Madrid); Museo Nacional de Arqueología Subacuática, ARQUA (Murcia); Museo Nacional de Arte Romano (Badajoz); Museo Nacional de Artes Decorativas (Madrid); Museo Casa de Cervantes (Valladolid); Museo Nacional de Cerámica y Artes Suntuarias “González Martí” (Valencia); Museo Cerralbo (Madrid); Museo Nacional de Escultura (Valladolid); Museo del Greco (Toledo); Museo Arqueológico Nacional (Madrid); Museo Nacional del Romanticismo (Madrid); Museo Sefardí (Toledo); Museo Sorolla (Madrid); Museo del Traje, CIPE (Madrid).