Desde el siglo IV se atestigua una presencia religiosa en el enclave catedralicio. Los descubrimientos arqueológicos hechos en el lugar han aportado importantes datos para la Historia de la Arquitectura. A la luz de los hallazgos se sabe que en su origen había tres estructuras catedralicias, lo que constituía una catedral múltiple. La simplificación y homogeneización de la liturgia hizo evolucionar el complejo en un edificio único sobre el que, en el siglo XII, el primer príncipe obispo de Ginebra comienza la construcción de la actual Catedral románico-gótica. Dedicada a San Pedro, constituye la imagen emblemática de Ginebra, ciudad que domina desde la colina de la Ciudad Vieja.
A partir de 1536 Ginebra abraza la Reforma y la catedral es adoptada por Juan Calvino como Iglesia Madre, tomando el nombre de Templo de San Pedro, que será su nombre oficial hasta la actualidad. De hecho, el estilo sobrio del lugar responde al espíritu original de la espiritualidad calvinista, vuelta hacia la palabra y no al culto de la imagen.
La catedral ha sido, a través de los siglos, más que un lugar de culto, ya que retomó funciones civiles convirtiéndose en el Templo de las Leyes durante la Revolución de Ginebra, y todavía hoy acoge la prestación del juramento solemne del Gobierno de la República. También la Catedral de San Pedro supone la ilustración de la influencia que Ginebra ha ejercido sobre el mundo protestante como lugar de refugio y como academia de formación de los Pastores de toda Europa.