Fue el centro más importante de la orden benedictina. Esta orden, seguidora de la regla de San Benito, llegaría a ser la más importante de la Edad Media, estableciéndose en toda Europa. Quizás por ello se proclama a San Benito patrón de Europa en 1964 por Pablo VI.
La Abadía fue fundada en el siglo X gracias a la cesión de unos terrenos en Borgoña por el rey Guillermo de Aquitania. Sin embargo, esta abadía consiguió desde sus inicios tener una total independencia de los poderes civiles. No obstante, fue requerida como mediadora de numerosos conflictos políticos y sociales debido al respeto y relevancia internacional de muchos de sus abades como Odilón, Hugo el Grande o Pedro el Venerable. Fue con ellos cuando la Abadía alcanzó su mayor esplendor, ampliándose sus edificaciones en conocidas fases como Cluny II y Cluny III. Se fundaron numerosas casas por toda Europa que dependían de ella, la Casa Madre. 850 en Francia, 52 en Italia, 109 en Alemania, más de 20 en la Península Ibérica y 43 en Gran Bretaña, superando entre todas los 10.000 monjes en Europa. De tal forma se convirtió en uno de los principales focos de la vida intelectual y artística de la Europa medieval, gracias a toda su red de monasterios. Debido a la sistematización de sus construcciones y a ser uno de los puntos de partida para el Camino de Santiago fue el centro de irradiación del románico y de la Reforma Gregoriana.