El museo ofrece una síntesis de la vida en Augusta Emérita, una de las principales ciudades de la Hispania Romana. A través de su colección, con piezas emblemáticas como mosaicos, esculturas, epígrafes y documentos de la cultura material romana, se reflejan todas las facetas de la vida cotidiana en la capital de la Lusitania, uno de los grandes exponentes del proceso de romanización.
Su sede principal, diseñada por el arquitecto Rafael Moneo, se ha convertido en un edificio referente de la arquitectura contemporánea de museos. En su interior, junto a la exposición permanente, se muestran restos de la edificación de la Mérida romana, pertenecientes al conjunto arqueológico que ha sido declarado Patrimonio Mundial por la UNESCO.
Una segunda sede, situada en la Iglesia de Santa Clara, ofrece al visitante la colección de época visigoda y medieval.