El origen y evolución del actual Centro Documental de la Memoria Histórica (CDMH) corre en paralelo al propio desarrollo de la historia reciente de España, estando ambos estrechamente relacionados. De este modo, lo que nació como un archivo con fines represivos durante la Guerra Civil y se consolidó como tal durante la dictadura, se transformó, con la llegada de la democracia, en un espacio para la investigación y reparación de las víctimas.
El origen del actual CDMH se sitúa en pleno desarrollo de la Guerra Civil. La ubicación de este centro en Salamanca se debe a que, entre 1936 y 1937, se estableció en esta ciudad la sede del Cuartel General de Franco. En el seno de este cuartel surgieron diversos organismos encargados de acumular información sobre las organizaciones afines a la República. De este modo, en 1937 se crearon dos organismos:
Unos meses más tarde, en junio de 1937, a partir de la toma de Bilbao, se organiza la llamada "recuperación de documentos del enemigo". De este modo, el 14 de julio se constituye un servicio que actuaría en los territorios que iba ocupando el ejército liderado por Franco.
Su función principal fue la incautación y recogida de material de archivos, bibliotecas, así como periódicos y casas particulares, de todos aquellos organismos (administración pública, partidos políticos, sindicatos, asociaciones, fundaciones) y personas físicas y jurídicas, como empresas y fábricas, que fueran afines al régimen republicano.
Todo este gran volumen documental era recogido por equipos formados por un número reducido de personas, para ser enviado a la ciudad de Salamanca, donde se procedía a su organización y clasificación.
A esta entidad volcaba en estas labores de incautación, se le dio rango administrativo cuando por decreto de 26 de abril de 1938 se crea la Delegación del Estado para la Recuperación de Documentos (DERD).
Las dos entidades creadas durante la Guerra Civil con fines similares, la Delegación del Estado para la Recuperación de Documentos y la Delegación de Asuntos Especiales, tendieron a fusionarse, unas veces de hecho y otras de derecho, y quedaron bajo la dependencia de una misma persona, Marcelino de Ulibarri y Eguilaz.
Ulibarri también encabezó el organismo que en 1944 reunió formalmente a estos dos organismos dentro de la Presidencia del Gobierno: la Delegación Nacional de Servicios Documentales (DNSD). Sus funciones serían continuar con la clasificación de los documentos confiscados para dar servicio a los organismos que requerían esta información con fines represivos, fundamentalmente el Tribunal Especial de Represión de la Masonería y el Comunismo, tribunales militares, así como a la Dirección General de Seguridad para la expedición del documento nacional de identidad.
La Delegación Nacional Servicios Documentales cambió su denominación posteriormente por la de Servicios Documentales de Presidencia del Gobierno. Durante todo el periodo franquista no perdió su función represiva, aunque al final de la dictadura algunos historiadores pudieron acceder a sus fondos con fines de investigación.
Con la muerte del dictador, comienza en España un periodo de transición hacia la democracia y en 1977 se reorganizó la Presidencia del Gobierno, suprimiendo los Servicios Documentales y adscribiendo estos fondos al Ministerio de Cultura, para pasar a depender del Archivo Histórico Nacional, constituyendo la Sección Guerra Civil, por orden de 7 de mayo de 1979. De esta forma, lo que en su día había sido un archivo de carácter policial, se integraba en el sistema general de archivos y ponía sus fondos al servicio de la investigación y de los ciudadanos.
En este sentido, hay que destacar la labor desempañada por la entonces Sección, en el contexto de la promulgación de las distintas leyes reparadoras que vinieron a compensar económicamente a aquellos ciudadanos que fueron represaliados por la dictadura.
A partir de esta integración en el Ministerio de Cultura, el volumen de la documentación fue en aumento, gracias a la política de ingresos impulsada por el Ministerio, así como el desarrollo de una importante labor de difusión cultural.
Fruto de ello fue la creación del Archivo General de la Guerra Civil Española en 1999 (RD 426/1999, de 12 de marzo), como entidad independiente del Archivo Histórico Nacional. Este hecho coincidió con la ampliación de sus servicios, especialmente con la inauguración de una exposición permanente sobre la Guerra Civil y la masonería a partir del patrimonio cultural custodiado por el archivo.
En 2007, en el marco de las políticas de reparación a las víctimas de la guerra civil y de la dictadura, así como de aprobación de la Ley de Memoria Histórica (Ley 52/2007, de 26 de diciembre, por la que se reconocen y amplían derechos y se establecen medidas en favor de quienes padecieron persecución o violencia durante la Guerra Civil y la dictadura), se creó por Real Decreto 697/2007, de 1 de junio, el Centro Documental de la Memoria Histórica (CDMH), integrando en su seno al Archivo de la Guerra Civil.