La documentación del Consejo Supremo de Guerra y Marina y su sucesor el Consejo Supremo de Justicia Militar () se encuentra conservada en su mayoría en el Archivo General Militar de Segovia (
). Sin embargo, el Archivo General de la Administración conserva dos pequeñas series aunque no de manera íntegra:
- Expedientes de causas, cruces, retiros y casamientos (1597-1997). Son dictámenes sobre expedientes muy diversos sometidos a las Salas de Justicia y de Gobierno del Consejo. Predominan las fechas comprendidas entre el último tercio del s. XIX y el primero del siguiente. Accesible a través del inventario IDD (02)078.001.
- Expedientes de repatriación de exiliados (1945-1956). Se trata de dictámenes del Consejo Supremo de Justicia Militar sobre solicitudes de retorno a España de exiliados republicanos interesados en acogerse a los Decretos de Indulto de los años 1945 y 1946. Accesible a través del inventario IDD (02)081.000