Uno de los principales avances en la gestión de los negocios mercantiles durante la Edad Media fue el perfeccionamiento y difusión desde Italia de la contabilidad. El sistema más sencillo era conocido como de «Cargo y data», donde se anotaban entradas y salidas de dinero, mercancías, etc. A pesar de su utilidad, las compañías mercantiles requerían un mayor control, por lo que se desarrolló una técnica más compleja, la «partida doble», que permitía obtener una imagen fiel del estado económico y financiero de la compañía. El sistema se basa en dividir la compañía en dos masas patrimoniales (Debe y Haber) y anotar cada operación «por partida doble», es decir, un apunte en cada masa patrimonial. La técnica se fue expandiendo por Castilla a lo largo del siglo XVI gracias al contacto con la cultura mercantil italiana y mediterránea. No obstante, algunos usos eran particulares,como el recurso a la cuenta castellana, que emplea números romanos, y que convive en esta centuria con las primeras manifestaciones del sistema arábigo.
Este nuevo sistema generó instrumentos de gestión más complejos y elaborados. Fruto de ello se expandió el uso de libros de contabilidad como el «Libro diario», donde se anotaban las operaciones diarias del negocio, y el «Libro de caja», también llamado «mayor», en el que se trasladaban los apuntes del diario, pero con otro criterio de clasificación. El «Libro de caja» contenía las cuentas individuales de aquellos mercaderes, clientes, etc. con los que operaba la compañía, anotando en la plana izquierda el «debe» y en la derecha el «haber».
Con el fin de facilitar la gestión, los mercaderes hicieron uso de otros libros auxiliares como libros de minutas (borradores), libros copiadores de cartas, donde dejaban registro de toda la información que llegaba desde diferentes lugares, o inventarios, donde se recogían la entrada y salida de mercancías. También se extendieron otras prácticas como la elaboración de balances, documento en el que se sintetizaba la información general del negocio: derechos, obligaciones, dinero en caja, valor de las existencias o los beneficios/pérdidas del mercader, entre otros.