La Dirección General distribuye sus funciones en cuatro Subdirecciones Generales:
- Subdirección General de Archivos, dividida a su vez en los servicios de Organización y Gestión y Racionalización y Asistencia Técnica.
- Subdirección General de Museos, con un Servicio de Gestión de Museos y otro de Exposiciones.
- Subdirección General de Arqueología, dividida en las secciones de Excavaciones y Documentos Arqueológicos.
- Subdirección General del Patrimonio Artístico, de la que forman parte el Servicio de Inventario General del Patrimonio Cultural, el Servicio de Conservación y Restauración y el Servicio de Ordenación de Conjuntos y Lugares Histórico Artísticos.
Además, existen ocho organismos autónomos adscritos a la Dirección General: